Strand Orientation Bias Detector to determine the probability of FFPE sequencing artifacts
Тип публикации: Journal Article
Дата публикации: 2021-05-20
scimago Q1
wos Q1
white level БС1
SJR: 2.39
CiteScore: 15.8
Impact factor: 7.7
ISSN: 14675463, 14774054
PubMed ID:
34015811
Molecular Biology
Information Systems
Краткое описание
Formalin-fixed paraffin-embedded tissue, the most common tissue specimen stored in clinical practice, presents challenges in the analysis due to formalin-induced artifacts. Here, we present Strand Orientation Bias Detector (SOBDetector), a flexible computational platform compatible with all the common somatic SNV-calling pipelines, designed to assess the probability whether a given detected mutation is an artifact. The underlying predictor mechanism is based on the posterior distribution of a Bayesian logistic regression model trained on The Cancer Genome Atlas whole exomes. SOBDetector is a freely available cross-platform program, implemented in Java 1.8.
Найдено
Ничего не найдено, попробуйте изменить настройки фильтра.
Для доступа к списку цитирований публикации необходимо авторизоваться.
Топ-30
Журналы
|
1
2
3
4
|
|
|
bioRxiv
4 публикации, 17.39%
|
|
|
NAR Genomics and Bioinformatics
2 публикации, 8.7%
|
|
|
Scientific Reports
2 публикации, 8.7%
|
|
|
medRxiv
2 публикации, 8.7%
|
|
|
Molecular Oncology
2 публикации, 8.7%
|
|
|
Frontiers in Oncology
1 публикация, 4.35%
|
|
|
Experimental and Molecular Medicine
1 публикация, 4.35%
|
|
|
Bioinformatics
1 публикация, 4.35%
|
|
|
Clinical and Translational Medicine
1 публикация, 4.35%
|
|
|
iScience
1 публикация, 4.35%
|
|
|
Blood advances
1 публикация, 4.35%
|
|
|
Communications Medicine
1 публикация, 4.35%
|
|
|
Methods in Molecular Biology
1 публикация, 4.35%
|
|
|
Interdisciplinary Medicine
1 публикация, 4.35%
|
|
|
Free Radical Biology and Medicine
1 публикация, 4.35%
|
|
|
Genes
1 публикация, 4.35%
|
|
|
1
2
3
4
|
Издатели
|
1
2
3
4
5
6
|
|
|
openRxiv
6 публикаций, 26.09%
|
|
|
Springer Nature
5 публикаций, 21.74%
|
|
|
Wiley
4 публикации, 17.39%
|
|
|
Oxford University Press
3 публикации, 13.04%
|
|
|
Elsevier
2 публикации, 8.7%
|
|
|
Frontiers Media S.A.
1 публикация, 4.35%
|
|
|
American Society of Hematology
1 публикация, 4.35%
|
|
|
MDPI
1 публикация, 4.35%
|
|
|
1
2
3
4
5
6
|
- Мы не учитываем публикации, у которых нет DOI.
- Статистика публикаций обновляется еженедельно.
Вы ученый?
Создайте профиль, чтобы получать персональные рекомендации коллег, конференций и новых статей.
Метрики
23
Всего цитирований:
23
Цитирований c 2025:
15
(65.22%)
Цитировать
ГОСТ |
RIS |
BibTex
Цитировать
ГОСТ
Скопировать
Dióssy M. et al. Strand Orientation Bias Detector to determine the probability of FFPE sequencing artifacts // Briefings in Bioinformatics. 2021. Vol. 22. No. 6.
ГОСТ со всеми авторами (до 50)
Скопировать
Dióssy M., Sztupinszki Z. M., Krzystanek M., Börcsök J., Eklund A. C., Csabai I., Pedersen A. F., Szallasi Z. Strand Orientation Bias Detector to determine the probability of FFPE sequencing artifacts // Briefings in Bioinformatics. 2021. Vol. 22. No. 6.
Цитировать
RIS
Скопировать
TY - JOUR
DO - 10.1093/bib/bbab186
UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbab186
TI - Strand Orientation Bias Detector to determine the probability of FFPE sequencing artifacts
T2 - Briefings in Bioinformatics
AU - Dióssy, Miklós
AU - Sztupinszki, Zsófia M.
AU - Krzystanek, Marcin
AU - Börcsök, Judit
AU - Eklund, Aron C.
AU - Csabai, István
AU - Pedersen, Anders Filsøe
AU - Szallasi, Zoltan
PY - 2021
DA - 2021/05/20
PB - Oxford University Press
IS - 6
VL - 22
PMID - 34015811
SN - 1467-5463
SN - 1477-4054
ER -
Цитировать
BibTex (до 50 авторов)
Скопировать
@article{2021_Dióssy,
author = {Miklós Dióssy and Zsófia M. Sztupinszki and Marcin Krzystanek and Judit Börcsök and Aron C. Eklund and István Csabai and Anders Filsøe Pedersen and Zoltan Szallasi},
title = {Strand Orientation Bias Detector to determine the probability of FFPE sequencing artifacts},
journal = {Briefings in Bioinformatics},
year = {2021},
volume = {22},
publisher = {Oxford University Press},
month = {may},
url = {https://doi.org/10.1093/bib/bbab186},
number = {6},
doi = {10.1093/bib/bbab186}
}
Ошибка в публикации?