Всероссийская коллекция микроорганизмов (ВКМ)

Публикаций
Цитирований
Индекс Хирша
92
1466
21
144
1650
22
121
1873
22
Необходимо авторизоваться.
Области науки
Микробиология
Геномика
Биотехнология

Чем мы занимаемся?

- Изучение биологического (генетического) разнообразия микроорганизмов, обитающих в различных экосистемах и ассоциированных с высшими организмами;

- Введение в культуру и всестороннее изучение новых микроорганизмов всех основных надцарств и различных физиологических групп, выявление и описание новых таксонов, совершенствование системы классификации и методов идентификации, в т.ч., на уровне вида (подвида);

- Поиск и изучение новых биополимеров, ферментов и вторичных метаболитов микробного происхождения;

- Изучение возможностей применения анаэробных бактерий и архей для получения биоводорода и биогаза, антифризных белков и холодоустойчивых ферментов;

- Секвенирование и аннотация полных геномов бактерий и грибов для расширение информационного базиса для развития концепции вида у микроорганизмов и конструирования современного «единого древа жизни», понимания стратегий адаптации микроорганизмов к экстремальным условиям, механизмов симбиотических взаимодействий и фитопатогенности, поиска новых ферментов и их комплексов, имеющих фундаментальное и прикладное значение;

- Разработка ускоренных методов идентификации микроорганизмов на уровне вида (подвида) на основе МАЛДИ масс-спектрометрии и анализа «housing-keeping» генов.

Используемые методы

  • MALDI масс-спектроскопия
  • Хроматография
  • Работа с бактериальными штаммами
  • Газовая хроматография
  • Высоко-эффективная жидкостная хроматография (ВЭЖХ)
  • Спектрофотометрия
  • Секвенирование по Сенгеру
  • Лиофилизация культур микроорганизмов
  • Аннотация генома
  • Работа с дрожжевыми штаммами
  • Работа со штаммами мицелиальных грибов
  • Работа со штаммами архей

Решение рутинных задач с использвоанием метода ПЦР

Самая быстрая система визуализации хемилюминесценции, флуоресценции и колориметрии. Управляется программным обеспечением для захвата и анализа изображений Image Lab.

Хроматографы жидкостные высокоэффективные «KNAUER» (далее - хроматографы) предназначены для измерения содержания химических веществ в питьевых, природных и сточных водах, почве, атмосфере, жидких и твердых отходах производства, продуктах питания, алкогольных и безалкогольных напитков, сельхозпродукции, продуктов органического синтеза, биологических жидкосте.

Хранилище биопродуктов ХБ-0,5 предназначено для хранения биопродуктов в сжиженном азоте и его парах, охлаждения деталей в машиностроительном производстве диаметром до 430мм при температуре минус 196°C, нашло шиорокое применение в животноводстве для племенной работы, в медицине для хранения костного мозга, крови, клеток для лечения ожогов и других биоматериалов.

Предназначен для количественного определения ДНК, РНК и белка с использованием реагентов Qubit™ (ранее - Quant-iT™). Флуориметрическое определение концентрации с помощью системы Qubit обладает намного большей чувствительностью и точностью, чем традиционное измерение поглощения образцом УФ излучения, что позволяет избежать многократного повторения экспериментов, возникающего из-за неточности измерений. Прибор идеален для анализа образцов при клонировании, секвенировании, трансфекции, количественной ПЦР, в микрочиповых технологиях, электрофорезе белков, вестерн блоттинге и измерении активности белков.

Людмила Евтушенко
Заведующий лабораторией

Направления исследований

Филогенетический анализ микроорганизмов

+
Филогенетический анализ микроорганизмов на основе последовательностей генов 16S рРНК и «housing-keeping» генов (gyrB, recA, rpoB и др.) с целью определения родовой и видовой принадлежности микроорганизмов

Идентификация штаммов микроорганизмов

+
Идентификация штаммов микроорганизмов (метод МАЛДИ масс-спектрометрии) с использованием базы данных производителя (Брукер) и локальных баз данных, созданных в ЦКП ВКМ. В основе метода лежит сравнение масс-спектров смеси компонентов разрушенных клеток (компоненты МАЛДИ-спектров в диапазоне масс 2000–20000 m/z соответствуют полярным протеинам цитоплазмы, преимущественно рибосомальным). Достоинствами метода являются быстрота и малое количество материала для анализа (достаточно одной колонии).

Определение хемотаксономических характеристик штаммов микроорганизмов

+
Определение таксономических характеристик штаммов микроорганизмов (бактерий, архей, грибов, дрожжей), требуемых для описания новых видов и родов микроорганизмов в соответствии с международными стандартами. В перечень таких характеристик входят: изомер диаминопимелиновой кислоты клеточной стенки, состав аминокислот клеточной стенки, состав сахаров целых клеток/клеточных стенок, тип миколовых кислот, состава жирных кислот, состав изопреноидных хинонов дыхательной цепи (менахинонов, убихинонов), состава фосфолипидов, нуклеотидный состава ДНК.

Анализ (определение) продуктов метаболизма микроорганизмов

+
Анализ продуктов метаболизма микроорганизмов с использованием HPLC и газовой хроматографии. Данные о продуктах метаболизма (органические кислоты, моно- и многоатомные спирты, эфиры и газообразные продукты) входят в число важных таксономических характеристик ряда групп бактерий и архей и необходимы при описании новых видов и родов. Определение вышеперечисленных свойств позволяет также оценить возможность использования исследуемых микроорганизмов в качестве продуцентов соответствующих соединений.

Аннотация полных геномов микроорганизмов

+
Аннотация полных геномов микроорганизмов (в т.ч., для описания новых таксонов, понимания механизмов симбиотических взаимодействий и фитопатогенности, поиска новых ферментов и их комплексов, имеющих фундаментальное и прикладное значение).

Публикации и патенты

Draft Genome Sequences of 9 Actinobacteria from the Family Microbacteriaceae Associated with Insect- and Nematode-Damaged Plants
Tarlachkov S.V., Ospennikov Y.V., Demidov A.V., Starodumova I.P., Dorofeeva L.V., Prisyazhnaya N.V., Chizhov V.N., Subbotin S.A., Evtushenko L.I.
Q3 Microbiology Resource Announcements 2022 цитирований: 0
Cell Wall Glycopolymers as a Diagnostic Trait of Arthrobacter crystallopoietes
Potekhina N.V., Ariskina E.V., Shashkov A.S., Tul’skaya T.M., Evtushenko L.I.
Q3 Microbiology 2022 цитирований: 0
Natronosporangium hydrolyticum gen. nov., sp. nov., a haloalkaliphilic polyhydrolytic actinobacterium from a soda solonchak soil in Central Asia.
Sorokin D.Y., Elcheninov A.G., Khijniak T.V., Zaharycheva A.P., Boueva O.V., Ariskina E.V., Bunk B., Spröer C., Evtushenko L.I., Kublanov I.V., Hahnke R.L.
Q1 Systematic and Applied Microbiology 2022 цитирований: 1
Fungal Planet description sheets: 1284-1382
Crous P.W., Osieck E.R., Jurjevi Ž., Boers J., Van Iperen A.L., Starink-Willemse M., Dima B., Balashov S., Bulgakov T.S., Johnston P.R., Morozova O.V., Pinruan U., Sommai S., Alvarado P., Decock C.A., et. al.
Q1 Persoonia: Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi 2021 цитирований: 6
Methylocystis silviterrae sp.nov., a high-affinity methanotrophic bacterium isolated from the boreal forest soil.
Tikhonova E.N., Grouzdev D.S., Avtukh A.N., Kravchenko I.K.
Q1 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2021 цитирований: 4
Steroid Metabolism in Thermophilic Actinobacterium Saccharopolyspora hirsuta VKM Ac-666T
Lobastova T., Fokina V., Tarlachkov S., Shutov A., Bragin E., Kazantsev A., Donova M.
Q2 Microorganisms 2021 цитирований: 1
Open Access
Open access
Cell wall galactofuranan and pyruvate-containing galactomannan in the cell walls of Clavibacter strains.
Shashkov A.S., Potekhina N.V., Kim D., Dmitrenok A.S., Senchenkova S.N., Dorofeeva L.V., Evtushenko L.I., Tul'skaya E.M.
Q2 Carbohydrate Research 2021 цитирований: 0
Biodegradation of Organophosphorus Pollutants by Soil Bacteria: Biochemical Aspects and Unsolved Problems
Sviridov A.V., Shushkova T.V., Epiktetov D.O., Tarlachkov S.V., Ermakova I.T., Leontievsky A.A.
Q4 Applied Biochemistry and Microbiology 2021 цитирований: 0
Lacticaseibacillus paracasei: Occurrence in the Human Gut Microbiota and K-Mer-Based Assessment of Intraspecies Diversity
Frolova M., Yudin S., Makarov V., Glazunova O., Alikina O., Markelova N., Kolzhetsov N., Dzhelyadin T., Shcherbakova V., Trubitsyn V., Panyukov V., Zaitsev A., Kiselev S., Shavkunov K., Ozoline O.
Q2 Life 2021 цитирований: 1
Open Access
Open access
Trichococcus shcherbakoviae subsp. psychrophilus subsp. nov., a psychrotolerant facultative anaerobe isolated from a cold spring.
Zakharyuk A., Valyshev A., Plotnikov A., Kopitsyn D., Suzina N., Shcherbakova V.
Q1 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2021 цитирований: 7
Collection of VKM Paleofungi
Kochkina G., Ivanushkina N., Ozerskaya S.
Q1 Diversity 2021 цитирований: 0
Open Access
Open access
‘Candidatus Xiphinematincola pachtaicus' gen. nov., sp. nov., an endosymbiotic bacterium associated with nematode species of the genus Xiphinema (Nematoda, Longidoridae)
Palomares-Rius J.E., Gutiérrez-Gutiérrez C., Mota M., Bert W., Claeys M., Yushin V.V., Suzina N.E., Ariskina E.V., Evtushenko L.I., Subbotin S.A., Castillo P.
Q1 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2021 цитирований: 8
Desulfosporosinus metallidurans sp. nov., an acidophilic, metal-resistant sulfate-reducing bacterium from acid mine drainage.
Panova I.A., Ikkert O., Avakyan M.R., Kopitsyn D.S., Mardanov A.V., Pimenov N.V., Shcherbakova V.A., Ravin N.V., Karnachuk O.V.
Q1 International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 2021 цитирований: 8
Nomenclatural issues concerning cultured yeasts and other fungi: why it is important to avoid unneeded name changes
Yurkov A., Alves A., Bai F., Boundy-Mills K., Buzzini P., Čadež N., Cardinali G., Casaregola S., Chaturvedi V., Collin V., Fell J.W., Girard V., Groenewald M., Hagen F., Hittinger C.T., et. al.
Q1 IMA Fungus 2021 цитирований: 5
Open Access
Open access
Draft Genome Sequence of Coralloluteibacterium stylophorae LMG 29479T
Karlyshev A.V., Kudryashova E.B., Ariskina E.V., Conroy A.P., Abidueva E.Y.
Q3 Microbiology Resource Announcements 2021 цитирований: 0
Анатолий Григорьевич Козловский (RU), Анатолий Григорьевич Козловский, Валентина Павловна Желифонова (RU), Валентина Павловна Желифонова, Татьяна Валентиновна Антипова (RU), Татьяна Валентиновна Антипова, Светлана Михайловна Озерская (RU), Светлана Михайловна Озерская, Галина Александровна Кочкина (RU), Галина Александровна Кочкина, Наталия Евгеньевна Иванушкина (RU), Наталия Евгеньевна Иванушкина
RU2386692C1, 2010

Партнёры

Местонахождение лаборатории

Пущино, проспект Науки, д. 5
Необходимо авторизоваться.