Всероссийская коллекция микроорганизмов (ВКМ)

Микробиология
Геномика
Биотехнология
Заведующий лабораторией

Евтушенко Людмила Ивановна

д.б.н., проф.
Публикаций
104
Цитирований
1429
Индекс Хирша
20
Публикаций
152
Цитирований
1755
Индекс Хирша
22
Необходимо авторизоваться.

- Изучение биологического (генетического) разнообразия микроорганизмов, обитающих в различных экосистемах и ассоциированных с высшими организмами;

- Введение в культуру и всестороннее изучение новых микроорганизмов всех основных надцарств и различных физиологических групп, выявление и описание новых таксонов, совершенствование системы классификации и методов идентификации, в т.ч., на уровне вида (подвида);

- Поиск и изучение новых биополимеров, ферментов и вторичных метаболитов микробного происхождения;

- Изучение возможностей применения анаэробных бактерий и архей для получения биоводорода и биогаза, антифризных белков и холодоустойчивых ферментов;

- Секвенирование и аннотация полных геномов бактерий и грибов для расширение информационного базиса для развития концепции вида у микроорганизмов и конструирования современного «единого древа жизни», понимания стратегий адаптации микроорганизмов к экстремальным условиям, механизмов симбиотических взаимодействий и фитопатогенности, поиска новых ферментов и их комплексов, имеющих фундаментальное и прикладное значение;

- Разработка ускоренных методов идентификации микроорганизмов на уровне вида (подвида) на основе МАЛДИ масс-спектрометрии и анализа «housing-keeping» генов.

  1. MALDI масс-спектроскопия
  2. Хроматография
  3. Работа с бактериальными штаммами
  4. Газовая хроматография
  5. Высоко-эффективная жидкостная хроматография (ВЭЖХ)
  6. Спектрофотометрия
  7. Лиофилизация культур микроорганизмов
  8. Аннотация генома
  9. Работа с дрожжевыми штаммами
  10. Работа со штаммами мицелиальных грибов
  11. Работа со штаммами архей
Людмила Евтушенко
Заведующий лабораторией
Юрий Оспенников
Младший научный сотрудник

Направления исследований

Филогенетический анализ микроорганизмов

+
Филогенетический анализ микроорганизмов на основе последовательностей генов 16S рРНК и «housing-keeping» генов (gyrB, recA, rpoB и др.) с целью определения родовой и видовой принадлежности микроорганизмов

Идентификация штаммов микроорганизмов

+
Идентификация штаммов микроорганизмов (метод МАЛДИ масс-спектрометрии) с использованием базы данных производителя (Брукер) и локальных баз данных, созданных в ЦКП ВКМ. В основе метода лежит сравнение масс-спектров смеси компонентов разрушенных клеток (компоненты МАЛДИ-спектров в диапазоне масс 2000–20000 m/z соответствуют полярным протеинам цитоплазмы, преимущественно рибосомальным). Достоинствами метода являются быстрота и малое количество материала для анализа (достаточно одной колонии).

Определение хемотаксономических характеристик штаммов микроорганизмов

+
Определение таксономических характеристик штаммов микроорганизмов (бактерий, архей, грибов, дрожжей), требуемых для описания новых видов и родов микроорганизмов в соответствии с международными стандартами. В перечень таких характеристик входят: изомер диаминопимелиновой кислоты клеточной стенки, состав аминокислот клеточной стенки, состав сахаров целых клеток/клеточных стенок, тип миколовых кислот, состава жирных кислот, состав изопреноидных хинонов дыхательной цепи (менахинонов, убихинонов), состава фосфолипидов, нуклеотидный состава ДНК.

Анализ (определение) продуктов метаболизма микроорганизмов

+
Анализ продуктов метаболизма микроорганизмов с использованием HPLC и газовой хроматографии. Данные о продуктах метаболизма (органические кислоты, моно- и многоатомные спирты, эфиры и газообразные продукты) входят в число важных таксономических характеристик ряда групп бактерий и архей и необходимы при описании новых видов и родов. Определение вышеперечисленных свойств позволяет также оценить возможность использования исследуемых микроорганизмов в качестве продуцентов соответствующих соединений.

Аннотация полных геномов микроорганизмов

+
Аннотация полных геномов микроорганизмов (в т.ч., для описания новых таксонов, понимания механизмов симбиотических взаимодействий и фитопатогенности, поиска новых ферментов и их комплексов, имеющих фундаментальное и прикладное значение).

Публикации и патенты

Анатолий Григорьевич Козловский (RU), Анатолий Григорьевич Козловский, Валентина Павловна Желифонова (RU), Валентина Павловна Желифонова, Татьяна Валентиновна Антипова (RU), Татьяна Валентиновна Антипова, Светлана Михайловна Озерская (RU), Светлана Михайловна Озерская, Галина Александровна Кочкина (RU), Галина Александровна Кочкина, Наталия Евгеньевна Иванушкина (RU), Наталия Евгеньевна Иванушкина
RU2386692C1, 2010

Партнёры

Адрес лаборатории

Пущино, проспект Науки, д. 5
Необходимо авторизоваться.