27 January 2022, 17:30

Химики МГУ выяснили механизм фотопереноса электрона флуоресцентного белка

Сотрудники кафедры физической химии химического факультета МГУ совместно с учеными из Университетского колледжа Лондона исследовали процессы окисления хромофора зеленого флуоресцентного белка в водном растворе. Результаты позволят значительно расширить область применения одного из самых актуальных способов отслеживания активности белков и помогут создать биосенсор для определения активных форм кислорода. Работа, выполненная при поддержке Российского научного фонда, опубликована в журнале Nature Communications.

Химики МГУ выяснили механизм фотопереноса электрона флуоресцентного белка
Процесс фотоокисления хромофора зеленого флуоресцентного белка
Source: Omri Tau, Anastasia Bochenkova

Зеленый флуоресцентный белок активно используется биологами для наблюдения за процессами в живых организмах. Его присоединение к другим молекулам в качестве светящейся зеленой метки позволяет точно отследить их положение в клетке.

«Мы изучали хромофор — часть белка, отвечающую за его способность светиться, — рассказала руководитель лаборатории квантовой фотодинамики, соавтор работы, доцент, к.ф.-м.н. Анастасия Боченкова. — Ведь именно при испускании поглощенного хромофором света мы и видим зеленое свечение. Однако в некоторых случаях хромофор может подвергаться окислению, то есть отдавать электрон другой молекуле. Окисленный белок меняет длину волны излучения, становясь красным, что является перспективным для создания светочувствительных редокс-биосенсоров. Фотоокисление может также приводить к необратимому обесцвечиванию, при котором белок больше не может светиться, что значительно снижает область его практического применения».

До недавнего времени окислительные свойства хромофора зеленого флуоресцентного белка были изучены только для молекул в газовой фазе — относительно простого для проведения и интерпретации результатов процесса. Но так как окружение сильно влияет на свойства хромофора, окислительно-восстановительные характеристики для газовой фазы и для белка должны заметно отличаться.

«Непосредственно в белке окислительные свойства изучать очень сложно, но наши коллеги из Англии попытались приблизиться к этому: они нашли способ исследовать окисление хромофора в водном растворе, — пояснила Анастасия Боченкова. — С точки зрения эксперимента это прорывная методика, но получаемые результаты очень сложны для понимания. Для их правильной интерпретации нужно в деталях понимать механизм фотоиндуцированного переноса электрона с хромофора. Поэтому наша часть работы заключалась в разработке метода моделирования и анализа фотоэлектронных спектров. Мы проводили масштабные квантовохимические расчеты с помощью ресурсов суперкомпьютерного комплекса Ломоносов-2».

Комбинация многофотонной ультрафиолетовой фотоэлектронной спектроскопии и расчетов квантовой химии высокого уровня точности позволила получить значения энергии отрыва электрона и оценить влияние окружения на электронную структуру хромофора, а также исследовать характер и роль его электронно-возбужденных состояний в процессах фотопереноса электрона. Полученное экспериментальное значение энергии отрыва электрона оказалось гораздо больше измеренного в газовой фазе. Авторы также сравнили его со своими расчетами для белка. Полное сходство двух значений указывает на то, что способность хромофора отдавать электрон при поглощении фотона в белковом окружении и водной среде практически одинаково.

«Помимо помощи экспериментаторам, мы смогли верифицировать предложенную нами методику расчетов, — объяснил аспирант лаборатории квантовой фотодинамики химического факультета МГУ и соавтор исследования Антон Бойченко. — Это поможет в дальнейшем распространить ее на другие подобные системы и откроет возможность интерпретировать результаты сложных экспериментальных исследований».

«В будущем мы хотим направить фотоокисление во благо, — поделилась Анастасия Боченкова. — В клетке ведь тоже есть окислители, например активные формы кислорода. Появление красного свечения вместо зеленого позволяет использовать белок как биосенсор, показывающий наличие окислителей в клетке. Основная проблема, ограничивающая его применение — маленький выход реакции. Сейчас мы активно работаем над ее устранением, с помощью физических подходов пытаемся повысить эффективность процесса при лазерном облучении в линейном и нелинейном режиме».

Source:  Пресс-служба МГУ

News article publications

Read also

Новый метод для описания молекулярного взаимодействия между фикобилисомой
Ученые из ФИЦ Биотехнологии РАН использовали необычный вариант флуоресцентной спектроскопии для описания особенностей молекулярного взаимодействия между фикобилисомой — сложным белковым комплексом, улавливающим свет в клетках цианобактерий и красных водорослей, — и оранжевым каротиноидным белком, защищающим фотосинтетический аппарат от интенсивного солнечного излучения. Каротиноидный белок, изменяя свою конформацию, препятствует передаче энергии от фикобилисомы на хлорофилл фотосистем. Изучение этой реакции является сложной задачей из-за многоступенчатого переноса энергии между сотнями пигментов «антенны». Оказалось, что этот процесс можно значительно упростить, используя инфракрасные лазеры.
Molecular Biology
Photosynthesis
Spectroscopy
5 October 2023
Сухая печать золотом позволила создать высокочувствительный экспресс-анализатор
Дополнительная модификация напечатанных таким образом наноструктур помогла повысить интенсивность сигнала поверхностно-усиленной рамановской спектроскопии
Analytical chemistry
Nanophotonics
New techniques
Spectroscopy
10 May 2023
Наносеребро помогло изучить конформации важнейшего белка «энергостанций» клеток
Наноструктурированная подложка впервые позволила отследить, как цитохром с меняет свою конформацию с помощью спектроскопии гигантского комбинационного рассеяния. При этом даже не пришлось выделять белок
Cell Biology
New techniques
Spectroscopy
4 April 2023
Химики дали рекомендации по применению нанопорового секвенирования
Этот метод набирает популярность и имеет ряд преимуществ перед традиционным секвенированием, например, позволяет прочитать большие нуклеотидные цепочки
Genetics
Molecular Biology
New techniques
23 November 2022
Замена одной аминокислоты стала причиной миопатий и катаракты
Российские и иранские ученые выяснили, как именно замена всего одной аминокислоты в белке кристаллине делает его причиной развития серьезных заболеваний глаз и сердца
Molecular Biology
Proteomics
Spectroscopy
16 December 2021
Ускорен поиск новых лекарств с помощью машинного обучения
В последние годы компьютерное моделирование сильно облегчило создание новых лекарств за счет предсказания структуры молекул и их взаимодействий. Однако даже такой «чисто компьютерный» скрининг может быть слишком дорог и затруднен, если речь идет о миллионах веществ. Поэтому авторы новой статьи в Journal of Chemical Information and Modeling — исследователи из МФТИ, Университетов Гронингена и Гренобля, — сделали этот процесс намного быстрее и эффективнее с помощью активного машинного обучения.
Drug Design
Machine learning
Molecular Biology
13 February 2024