7 October 2022, 11:00

Разработана новая кроссплатформенная программа EFAMIX

Structural Biology Computational Biology
Разработана новая кроссплатформенная программа EFAMIX
Анализ экспериментальных данных МУРР с онлайн использованием хроматографической колонки от олигомерной смеси белка альдолазы (А) и смеси белков овальбумина и бета-амилазы (В). Колонка (1) - профили гель-фильтрации (зеленая кривая), на вставке показаны собственные числа сингулярного разложения наборов данных МУРР в порядке убывания. Колонка (2) - восстановленные программой EFAMIX профили концентрации компонентов, синие и красные кривые - отдельные компоненты, зеленая кривая - общий профиль концентрации. Колонка (3) - восстановленные профили рассеяния компонентов (синие и красные кривые) и теоретические кривые (коричневые кривые) от известных кристаллографических моделей (гексамер альдолазы: 6R62.pdb; мономер овальбумина: 10VA.pdb; тетрамер бета-амилазы: 1FA2.pdb). Колонка (4) - графики собственных значений сингулярного разложения в рамках прямого и обратного EFA. Вертикальными линиями показаны окна присутствия компонент

Точное определение структурных параметров биологических макромолекул с использованием малоуглового рентгеновского рассеяния (МУРР) требует очищенных монодисперсных растворов или использования онлайн гель-фильтрации для разделения вклада отдельных компонентов.

В случае, когда компоненты образца остаются перекрывающимися, одним из эффективных подходов является процедура сингулярного разложения набора данных МУРР для оценки количества компонентов и дальнейшего восстановления их профилей рассеяния и концентраций.

Ученые из Институтa кристаллографии им. А.В. Шубникова РАН ФНИЦ «Кристаллография и фотоника» РАН в сотрудничестве с учеными из EMBL (Гамбург) разработали новую кроссплатформенную компьютерную программу EFAMIX для восстановления индивидуальных профилей рассеяния и концентрации компонентов белковых смесей по данным МУРР c онлайн использованием хроматографической колонки при помощи эволюционного факторного анализа (Evolving Factor Analysis - EFA). EFAMIX входит в состав пакета ATSAS 3.1.0 и доступна для пользователей.

Работа опубликована в журнале Protein Science (IF=6.99)

Source:  ФНИЦ «Кристаллография и фотоника» РАН

News article publications

By date By citations
Share

Read also

Присутствие фтора повлияло на противораковую активность аналогов куркумина
Ученые определили пространственную структуру молекул синтетических аналогов куркумина — природного соединения с противоопухолевой активностью. Синтетические аналоги предпочтительнее самого куркумина, поскольку они лучше усваиваются в человеческом организме. Авторы выяснили, что введение атома фтора в исследуемые соединения приводит к изменению их пространственной структуры, что может быть связано с повышенной противораковой активностью. Полученные данные будут полезны при разработке новых лекарственных препаратов для борьбы с онкологическими заболеваниями.
Molecular Biology
Oncology
Structural Biology
5 January 2024
Выяснено, что мозг по-разному реагирует на реальные и воображаемые движения
Ученые установили, как активность нашего мозга при воображаемом движении отличается от его работы во время реального действия. Оказалось, что в обоих случаях возникает предшествующий сигнал в коре головного мозга, однако при воображаемом движении он не имеет четкой привязки к конкретному полушарию. Полученные данные потенциально могут использоваться в медицинской практике для создания нейротренажеров и контроля восстановления нервных сетей у пациентов, перенесших инсульт.
Bioengineering
Bioinformatics
Computational Biology
Neuroscience
2 January 2024
Обнаружено место связывания лекарства у рецепторов
Ученые МФТИ сравнили структуры дигидрокси- и цистеинил-лейкотриеновых рецепторов. Они играют важную роль в воспалительных процессах в организме человека, включая астму, аллергический ринит, крапивницу и некоторые виды рака. Несмотря на структурное сходство лейкотриенов, эти два типа жирных молекул осуществляют свои функции, взаимодействуя с двумя различными семействами рецепторов, работающих в клеточной мембране. Исследование открывает путь к новым терапевтическим стратегиям избирательного воздействия на отдельные рецепторы.
Biophysics
Chemical Biology
Structural Biology
7 October 2023
Найдены различия в геометрии у плоских и сферических слоев клеток эпителия
Границы клеток, соединенных в единый слой, представляют собой многоугольники, формирующие подобие мозаики. Ученые определили, что от 40% до 60% клеток в эпителиальных слоях имеют вид шестиугольников, поскольку именно эта фигура обеспечивает максимально плотное смыкание клеток, а потому и прочность формирующихся поверхностей. Кроме того, авторы выявили, что в сферических слоях, по сравнению с плоскими, увеличивается доля пятиугольных клеток. При этом пяти- и семиугольные клетки стремятся расположиться рядом друг с другом.
Cell Biology
Mathematics
Structural Biology
19 September 2023
Фиброз почек уменьшает количество рецепторов прогестерона
Российские ученые обнаружили, что фиброз почек — замещение нормальной ткани органа соединительной тканью — приводит к резкому снижению активности гена PAQR5, кодирующего одноименный прогестероновый рецептор. Эксперименты на крысах показали, что из-за этого снижается чувствительность почечной ткани к половому гормону прогестерону, негативно сказываясь на прогнозе лечения. Открытый биологами механизм может использоваться при разработке препаратов для лечения заболеваний почек, в том числе рака.
Genetics
Physiology
Structural Biology
14 September 2023
Биологи объяснили «всеядность» уникального каротиноид-связывающего белка
Его секрет оказался в том, что он не «поглощает» лиганд полностью, а лишь его гидрофобный фрагмент. Почему ближайшие родственники белка так не могут — пока не совсем ясно, но уже есть предположения
Molecular Biology
NMR spectroscopy
Structural Biology
4 May 2023