Open Access
LigParGen web server: an automatic OPLS-AA parameter generator for organic ligands
Тип публикации: Journal Article
Дата публикации: 2017-04-21
scimago Q1
wos Q1
БС1
SJR: 7.048
CiteScore: 27.1
Impact factor: 13.1
ISSN: 03051048, 13624962
PubMed ID:
28444340
Genetics
Краткое описание
The accurate calculation of protein/nucleic acid-ligand interactions or condensed phase properties by force field-based methods require a precise description of the energetics of intermolecular interactions. Despite the progress made in force fields, small molecule parameterization remains an open problem due to the magnitude of the chemical space; the most critical issue is the estimation of a balanced set of atomic charges with the ability to reproduce experimental properties. The LigParGen web server provides an intuitive interface for generating OPLS-AA/1.14*CM1A(-LBCC) force field parameters for organic ligands, in the formats of commonly used molecular dynamics and Monte Carlo simulation packages. This server has high value for researchers interested in studying any phenomena based on intermolecular interactions with ligands via molecular mechanics simulations. It is free and open to all at jorgensenresearch.com/ligpargen, and has no login requirements.
Найдено
Ничего не найдено, попробуйте изменить настройки фильтра.
Для доступа к списку цитирований публикации необходимо авторизоваться.
Для доступа к списку профилей, цитирующих публикацию, необходимо авторизоваться.
Топ-30
Журналы
|
20
40
60
80
100
120
|
|
|
Journal of Molecular Liquids
102 публикации, 7.12%
|
|
|
Journal of Physical Chemistry B
74 публикации, 5.16%
|
|
|
Physical Chemistry Chemical Physics
51 публикация, 3.56%
|
|
|
Journal of Chemical Theory and Computation
49 публикаций, 3.42%
|
|
|
Journal of Chemical Physics
41 публикация, 2.86%
|
|
|
Journal of Chemical Information and Modeling
31 публикация, 2.16%
|
|
|
Macromolecules
28 публикаций, 1.95%
|
|
|
Fuel
21 публикация, 1.47%
|
|
|
Langmuir
21 публикация, 1.47%
|
|
|
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
21 публикация, 1.47%
|
|
|
Nature Communications
19 публикаций, 1.33%
|
|
|
Molecules
17 публикаций, 1.19%
|
|
|
Chemical Engineering Journal
17 публикаций, 1.19%
|
|
|
International Journal of Biological Macromolecules
17 публикаций, 1.19%
|
|
|
ACS applied materials & interfaces
16 публикаций, 1.12%
|
|
|
Journal of Physical Chemistry C
16 публикаций, 1.12%
|
|
|
International Journal of Molecular Sciences
14 публикаций, 0.98%
|
|
|
Colloids and Surfaces A: Physicochemical and Engineering Aspects
14 публикаций, 0.98%
|
|
|
ACS Omega
12 публикаций, 0.84%
|
|
|
Journal of Molecular Graphics and Modelling
12 публикаций, 0.84%
|
|
|
Chemical Engineering Science
11 публикаций, 0.77%
|
|
|
Scientific Reports
11 публикаций, 0.77%
|
|
|
Journal of the American Chemical Society
11 публикаций, 0.77%
|
|
|
Industrial & Engineering Chemistry Research
10 публикаций, 0.7%
|
|
|
Journal of Computational Chemistry
10 публикаций, 0.7%
|
|
|
Molecular Simulation
10 публикаций, 0.7%
|
|
|
Journal of Molecular Modeling
10 публикаций, 0.7%
|
|
|
Journal of Molecular Structure
10 публикаций, 0.7%
|
|
|
Journal of Materials Chemistry A
10 публикаций, 0.7%
|
|
|
20
40
60
80
100
120
|
Издатели
|
50
100
150
200
250
300
350
400
450
|
|
|
Elsevier
449 публикаций, 31.33%
|
|
|
American Chemical Society (ACS)
372 публикации, 25.96%
|
|
|
Royal Society of Chemistry (RSC)
122 публикации, 8.51%
|
|
|
Springer Nature
121 публикация, 8.44%
|
|
|
Wiley
118 публикаций, 8.23%
|
|
|
MDPI
65 публикаций, 4.54%
|
|
|
AIP Publishing
48 публикаций, 3.35%
|
|
|
Taylor & Francis
39 публикаций, 2.72%
|
|
|
Cold Spring Harbor Laboratory
18 публикаций, 1.26%
|
|
|
Pleiades Publishing
9 публикаций, 0.63%
|
|
|
Frontiers Media S.A.
8 публикаций, 0.56%
|
|
|
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
7 публикаций, 0.49%
|
|
|
IOP Publishing
4 публикации, 0.28%
|
|
|
American Physical Society (APS)
4 публикации, 0.28%
|
|
|
SAGE
3 публикации, 0.21%
|
|
|
World Scientific
3 публикации, 0.21%
|
|
|
Public Library of Science (PLoS)
3 публикации, 0.21%
|
|
|
Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS)
3 публикации, 0.21%
|
|
|
De Gruyter Brill
3 публикации, 0.21%
|
|
|
Oxford University Press
2 публикации, 0.14%
|
|
|
Akademizdatcenter Nauka
2 публикации, 0.14%
|
|
|
Society of Petroleum Engineers
2 публикации, 0.14%
|
|
|
Institute of Electrical and Electronics Engineers (IEEE)
2 публикации, 0.14%
|
|
|
eLife Sciences Publications
2 публикации, 0.14%
|
|
|
F1000 Research
1 публикация, 0.07%
|
|
|
The Royal Society
1 публикация, 0.07%
|
|
|
OOO Zhurnal "Mendeleevskie Soobshcheniya"
1 публикация, 0.07%
|
|
|
Society of Computer Chemistry, Japan
1 публикация, 0.07%
|
|
|
Hindawi Limited
1 публикация, 0.07%
|
|
|
50
100
150
200
250
300
350
400
450
|
- Мы не учитываем публикации, у которых нет DOI.
- Статистика публикаций обновляется еженедельно.
Вы ученый?
Создайте профиль, чтобы получать персональные рекомендации коллег, конференций и новых статей.
Метрики
1.4k
Всего цитирований:
1436
Цитирований c 2025:
400
(27.91%)
Цитировать
ГОСТ |
RIS |
BibTex |
MLA
Цитировать
ГОСТ
Скопировать
Dodda L. S. et al. LigParGen web server: an automatic OPLS-AA parameter generator for organic ligands // Nucleic Acids Research. 2017. Vol. 45. No. W1. p. W331-W336.
ГОСТ со всеми авторами (до 50)
Скопировать
Dodda L. S., Cabeza De Vaca I., Tirado-Rives J., Jorgensen W. LigParGen web server: an automatic OPLS-AA parameter generator for organic ligands // Nucleic Acids Research. 2017. Vol. 45. No. W1. p. W331-W336.
Цитировать
RIS
Скопировать
TY - JOUR
DO - 10.1093/nar/gkx312
UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkx312
TI - LigParGen web server: an automatic OPLS-AA parameter generator for organic ligands
T2 - Nucleic Acids Research
AU - Dodda, Leela S
AU - Cabeza De Vaca, Israel
AU - Tirado-Rives, J.
AU - Jorgensen, William
PY - 2017
DA - 2017/04/21
PB - Oxford University Press
SP - W331-W336
IS - W1
VL - 45
PMID - 28444340
SN - 0305-1048
SN - 1362-4962
ER -
Цитировать
BibTex (до 50 авторов)
Скопировать
@article{2017_Dodda,
author = {Leela S Dodda and Israel Cabeza De Vaca and J. Tirado-Rives and William Jorgensen},
title = {LigParGen web server: an automatic OPLS-AA parameter generator for organic ligands},
journal = {Nucleic Acids Research},
year = {2017},
volume = {45},
publisher = {Oxford University Press},
month = {apr},
url = {https://doi.org/10.1093/nar/gkx312},
number = {W1},
pages = {W331--W336},
doi = {10.1093/nar/gkx312}
}
Цитировать
MLA
Скопировать
Dodda, Leela S., et al. “LigParGen web server: an automatic OPLS-AA parameter generator for organic ligands.” Nucleic Acids Research, vol. 45, no. W1, Apr. 2017, pp. W331-W336. https://doi.org/10.1093/nar/gkx312.