Отдел структуры и функции рибонуклеиновых кислот

Заведующий лабораторией
д.х.н., проф., ак. РАН
Число
публикаций
Общее число
цитирований
Индекс
Хирша
212
2848
31
219
2983
32
177
2857
31
Лаборатория пока не принимает сообщения.

Организация

  • НИИ физико-химической биологии имени А. Н. Белозерского МГУ

Области науки

  • Молекулярная биология
Команда лаборатории

Чем мы занимаемся?

Лаборатория обладает широким спектром направлений исследований:

  1. Изучение РНК-метилтрансфераз
  2. Поиск новых антибиотиков и изучение механизма их действия
  3. Изучение теломеразы, ее структурно-функциональных особенностей, альтернативных функций и регуляции экспрессии ее составных компонентов

Используемые методы

  • CRISPR-Cas
  • Вестерн-блот (Western blot)
  • Культура клеток и тканей
  • Рентгеноструктурный анализ
  • toe-print
  • ПЦР-РВ
  • Работа с лабораторными животными
  • Работа с бактериальными штаммами
  • Клонирование
  • Секвенирование по Сенгеру
  • Колоночная хроматография
  • Выделение белков
  • in vitro трансляция
  • Саузерн-блот (Southern blot)
  • Нозерн-блот (Northern blot)
  • Масс-спектроскопия
  • Создание генноинженерных конструкций для экспрессии целевых белков
  • Выделение и очистка целевых белков
  • Работа с прокариотическими клетками: культивирование, трансформация, работа с фагами
  • Работа с эукариотическими клетками: культивирование, трансфекция, инфекция
  • Выделение рибонуклеопротеидных комплексов, работа с рибосомами и их комплексами
  • Химический, ферментативный, гидроксил-радикальный пробинги
  • Аффинная хроматография
  • Ультрацентрифугирование
  • Гель-электрофорез (агарозный, ПААГ, 2D)
  • Иммуноферментный анализ
  • MALDI масс-спектроскопия
  • FISH (Флуоресцентная гибридизация in situ)
Ольга Донцова
Заведующий лабораторией
Петр Сергиев
Ведущий научный сотрудник
Дмитрий Скворцов
Старший научный сотрудник
Илья Остерман
Старший научный сотрудник
Александр Малявко
Научный сотрудник
Дарья Василькова
Научный сотрудник

Направления исследований

Изучение РНК-метилтрансфераз

+

Известно большое разнообразие различных дополнительных химических функциональных групп, которые присоединяются к нуклеотидам путем специфической модификации в клетке. Модифицированные основания в составе РНК играют важную роль в регуляции функционирования, структуры, как самих РНК, так и РНК-белковых комплексов.

 

Многолетние исследования РНК-метилтрансфераз бактерий позволили выявить эволюционный аспект функционирования метилтрансфераз в клетках эукариот. Бионформатический анализ позволяет выявлять новые гены потенциальных РНК-метилтраснфераз, а последующие экспериментальные подходы идентифицировать ферменты и определять их мишени, а также влияние на функционирование клеток.

 

В работе используются современные подходы, в том числе геномное редактирование при помощи системы CRISPR/Cas9 в линиях клеток эукариот и в лабораторных животных.

Поиск новых антибиотиков

+

Антибиотики подавляют рост клеток или приводят к их смерти. В отделе создана система высокопроизводительного скрининга потенциальных антибактериальных и цитотоксических препаратов, которая используется для анализа обширных коллекций соединений, как синтетического, так и природного происхождения. Репортная система, используемая в бактериях, позволяет на самом первом этапе скрининга выявить соединения, приводящие к ингибированию биосинтеза белка или ДНК.

 

Коллекции соединений используются для поиска ингибиторов роста клеток эукариот. Скрининг токсичных против опухолевых клеток веществ позволяет выявлять соединения, преимущественно ингибирующие жизнедеятельность раковых клеток и не влияющие на выживаемость нормальных клеток в клеточной модели опухолевого микроокружения.

Изучение теломеразы

+

Изучение структурно-функциональных особенностей теломеразы с использованием в качестве модельной системы простейшего эукариотического организма – дрожжей Hansenula polymorpha. Термотолерантность этого вида дрожжей обеспечивает стабильность белков, что позволяет проводить структурные исследования компонентов теломеразы. Исследования теломеразы высших эукариот (в т.ч. изучение человека).

 

Предметом особенного интереса является регуляция экспрессии основных компонентов теломеразы в человеческих клетках, биогенез теломеразной РНК и альтернативные функции фермента, не связанные с синтезом теломерной ДНК.

Первичное биотестирование de novo синтезированных химических препаратов

+
Первичное биотестирование
de novo синтезированных химических препаратов

Данное направление подразумевает оценку цитотоксичности, в т.ч. дифференциальной, оценку непосредственного химического повреждения препаратами ДНК, адресный анализ предполагаемых мишеней препаратов (деблокирование в клетке белка p53, оценку ингибирования теломеразы, связывание с андрогеновыми рецепторами, ингибирование PSMA и др.). Работа ведется в тесном сотрудничеств с несколькими синтетическими группами на химическом факультете (на 3-м курсе студенты смогут сами “сварить” вещества в рамках курсовой работы по орг. химии и сами проверить их биологическое действие).

Публикации и патенты

Human Telomerase RNA Protein Encoded by Telomerase RNA is Involved in Metabolic Responses
Shliapina V., Koriagina M., Vasilkova D., Govorun V., Dontsova O., Rubtsova M.
Q2 Frontiers in Cell and Developmental Biology 2021 цитирований: 0
Open Access
Open access
From Toxicity to Selectivity: Coculture of the Fluorescent Tumor and Non-Tumor Lung Cells and High-Throughput Screening of Anticancer Compounds
Skvortsov D.A., Kalinina M.A., Zhirkina I.V., Vasilyeva L.A., Ivanenkov Y.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A.
Frontiers in Pharmacology 2021 цитирований: 0
Comparative analysis of genome editors efficiency on a model of mice zygotes microinjection
Averina O.A., Permyakov O.A., Grigorieva O.O., Starshin A.S., Mazur A.M., Prokhortchouk E.B., Dontsova O.A., Sergiev P.V.
International Journal of Molecular Sciences 2021 цитирований: 0
Antibacterial activity of noscapine analogs
Ivanenkov Y.A., Yu. Filyaeva K., Matniyazov R.T., Baymiev A.K., Baymiev A.K., Vladimirova A.A., Yamidanov R.S., Mavzyutov A.R., Zileeva Z.R., Zainullina L.F., Vakhitova J.V., Marina V.I., Terentiev V.A., Osterman I.A., Kartsev V.G., et. al.
Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters 2021 цитирований: 0
PARP1 Regulates the Biogenesis and Activity of Telomerase Complex Through Modification of H/ACA-Proteins
Savelyev N.V., Shepelev N.M., Lavrik O.I., Rubtsova M.P., Dontsova O.A.
Frontiers in Cell and Developmental Biology 2021 цитирований: 1
Open Access
Open access
Nybomycin inhibits both fluoroquinolone-sensitive and fluoroquinolone-resistant escherichia coli DNA gyrase
Shiriaev D.I., Sofronova A.A., Berdnikovich E.A., Lukianov D.A., Komarova E.S., Marina V.I., Zakalyukina Y.V., Biryukov M.V., Maviza T.P., Ivanenkov Y.A., Sergiev P.V., Osterman I.A., Dontsova O.A.
Antimicrobial Agents and Chemotherapy 2021 цитирований: 0
Production of a Cloned Offspring and CRISPR/Cas9 Genome Editing of Embryonic Fibroblasts in Cattle
Singina G.N., Sergiev P.V., Lopukhov A.V., Rubtsova M.P., Taradajnic N.P., Ravin N.V., Shedova E.N., Taradajnic T.E., Polejaeva I.A., Dozev A.V., Brem G., Dontsova O.A., Zinovieva N.A.
Doklady Biochemistry and Biophysics 2021 цитирований: 1
Open Access
Open access
Bioprospecting of Soil-Derived Actinobacteria Along the Alar-Hotan Desert Highway in the Taklamakan Desert
Liu S., Wang T., Lu Q., Li F., Wu G., Jiang Z., Habden X., Liu L., Zhang X., Lukianov D.A., Osterman I.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A., Sun C.
Frontiers in Microbiology 2021 цитирований: 0
Open Access
Open access
Cyanine mitochondrial dye with slightly selective cytotoxicity against A549 cancerous cells
Skvortsov D.A., Emashova S.K., Kalinina M.A., Dontsova O.A.
Archiv der Pharmazie 2021 цитирований: 1
Multifaceted Mechanism of Amicoumacin A Inhibition of Bacterial Translation
Maksimova E.M., Vinogradova D.S., Osterman I.A., Kasatsky P.S., Nikonov O.S., Milón P., Dontsova O.A., Sergiev P.V., Paleskava A., Konevega A.L.
Frontiers in Microbiology 2021 цитирований: 2
Open Access
Open access
Multiple competing RNA structures dynamically control alternative splicing in the human ATE1 gene
Kalinina M., Skvortsov D., Kalmykova S., Ivanov T., Dontsova O., Pervouchine D.
Nucleic Acids Research 2021 цитирований: 4
Open Access
Open access
Gausemycins A,B: Cyclic Lipoglycopeptides from Streptomyces sp.**
Tyurin A.P., Alferova V.A., Paramonov A.S., Shuvalov M.V., Kudryakova G.K., Rogozhin E.A., Zherebker A.Y., Brylev V.A., Chistov A.A., Baranova A.A., Biryukov M.V., Ivanov I.A., Prokhorenko I.A., Grammatikova N.E., Kravchenko T.V., et. al.
Angewandte Chemie - International Edition 2021 цитирований: 0
Synthesis and Biological Evaluation of PSMA Ligands with Aromatic Residues and Fluorescent Conjugates Based on Them
Machulkin A.E., Shafikov R.R., Uspenskaya A.A., Petrov S.A., Ber A.P., Skvortsov D.A., Nimenko E.A., Zyk N.U., Smirnova G.B., Pokrovsky V.S., Abakumov M.A., Saltykova I.V., Akhmirov R.T., Garanina A.S., Polshakov V.I., et. al.
Journal of Medicinal Chemistry 2021 цитирований: 3
Diversity, novelty, antimicrobial activity, and new antibiotics of cultivable endophytic actinobacteria isolated from psammophytes collected from Taklamakan Desert
Wang T., Li F., Lu Q., Wu G., Jiang Z., Liu S., Habden X., Razumova E.A., Osterman I.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A., Hu X., You X., Sun C.
Journal of Pharmaceutical Analysis 2021 цитирований: 6
Open Access
Open access
Panel of potential lncRNA biomarkers can distinguish various types of liver malignant and benign tumors
Burenina O.Y., Lazarevich N.L., Kustova I.F., Shavochkina D.A., Moroz E.A., Kudashkin N.E., Patyutko Y.I., Metelin A.V., Kim E.F., Skvortsov D.A., Zatsepin T.S., Rubtsova M.P., Dontsova O.A.
Journal of Cancer Research and Clinical Oncology 2021 цитирований: 4
Головина А. Я., Дзама М. М., Остерман И. А., Сергиев П. В., Серебрякова М. В., Богданов А. А., Донцова О. А.
RU2522863, 2014
Остерман И. А., Андреянова Е. С., Сергиев П. В., Евфратов С. А., Донцова О. А., Иваненков Я. А., Лаптев И. Г., Плетнев Ф. И., Марусич Е. И., Леонов С. В., Головина А. Я.
RU2620074, 2017
Мажуга А. Г., Зверева М. Э., Агрон Л. А., Белоглазкина Е. К., Ворожцов Н. И., Донцова О. А., Зык Н. В., Киселев Ф. Л., Скворцов Д. А.
RU2468030, 2012

Партнёры

Местонахождение лаборатории

119234, г. Москва, микрорайон Ленинские Горы, дом 1, стр. 40
Лаборатория пока не принимает сообщения.