Лаборатория химии нуклеопротеидов, кафедра Химии природных соединений, Химический факультет

Заведующий лабораторией
д.х.н., проф., ак. РАН
Публикаций
Цитирований
Индекс Хирша
223
3139
32
231
3258
32
177
3036
33
Необходимо авторизоваться.
Области науки
Молекулярная биология
Коллектив лаборатории

Чем мы занимаемся?

Лаборатория обладает широким спектром направлений исследований:

  1. Изучение РНК-метилтрансфераз
  2. Поиск новых антибиотиков и изучение механизма их действия
  3. Изучение теломеразы, ее структурно-функциональных особенностей, альтернативных функций и регуляции экспрессии ее составных компонентов

Используемые методы

  • CRISPR-Cas
  • Вестерн-блот (Western blot)
  • Культура клеток и тканей
  • toe-print
  • ПЦР-РВ
  • Работа с лабораторными животными
  • Работа с бактериальными штаммами
  • Клонирование
  • Секвенирование по Сенгеру
  • Выделение белков
  • in vitro трансляция
  • Саузерн-блот (Southern blot)
  • Нозерн-блот (Northern blot)
  • Масс-спектроскопия
  • Создание генноинженерных конструкций для экспрессии целевых белков
  • Работа с прокариотическими клетками: культивирование, трансформация, работа с фагами
  • Работа с эукариотическими клетками: культивирование, трансфекция, инфекция
  • Выделение рибонуклеопротеидных комплексов, работа с рибосомами и их комплексами
  • Аффинная хроматография
  • Ультрацентрифугирование
  • Гель-электрофорез (агарозный, ПААГ, 2D)
  • FISH (Флуоресцентная гибридизация in situ)
  • Вестерн-блоттинг

Количественный анализ (белки, нуклеиновые кислоты, клетки, бактерии и др.), скрининга лекарственных препаратов и метаболитов, иммуноферментный анализ, для кинетических и токсикологических исследований в клеточной биологии и цитологии.

Быстрый неконфокальный лазерный сканер для образцов: окрашенных гелей, флуоресцентно-меченных красителем, хемилюминесцентных блотов, меченных радиоизотопами

Самая быстрая система визуализации хемилюминесценции, флуоресценции и колориметрии. Управляется программным обеспечением для захвата и анализа изображений Image Lab.

Система обеспечивает точную количественную оценку и распознавание целевых фрагментов ДНК (до 5 мишеней) в реакциях большого объема. Система включает в себя передовые в отрасли технологии и автономную функциональность, чтобы обеспечить надежный и простой в использовании инструмент qPCR (ПЦР-РВ) для получения надежных результатов.

Источник тока для проведения гель-электрофореза.

Система для проведения вертикального электрофореза полиакриламидных гелей небольших размеров. Система идеально подходит для разделения и анализа белков, в том числе методами вестерн-блоттинга.

Система для быстрого переноса белков из геля на мембрану. Используется при проведении вестерн-блоттинга.

Роботизированная станция Janus позволяет осуществлять высокопроизводительный скрининг. Систему можно запрограммировать определенным образом на раскапывание образцов.

Спектрофотометр, используется для количественной оценки и оценки чистоты ДНК, РНК, белка и многого другого. Микрообъемный спектрофотометр с запатентованной технологией удержания образцов, который измеряет объемы образцов размером всего 0,5 мкл.

Наша команда
Наша команда
Ольга Донцова
Заведующий лабораторией
Петр Сергиев
Ведущий научный сотрудник
Илья Остерман
Старший научный сотрудник
Малявко Александр Николаевич
Александр Малявко
Научный сотрудник
Софья Марьясина 🥼 🤝
Инженер
Руденко Александр Юрьевич
Александр Руденко
Стажёр-исследователь

Направления исследований

Изучение РНК-метилтрансфераз

+
Известно большое разнообразие различных дополнительных химических функциональных групп, которые присоединяются к нуклеотидам путем специфической модификации в клетке. Модифицированные основания в составе РНК играют важную роль в регуляции функционирования, структуры, как самих РНК, так и РНК-белковых комплексов. Многолетние исследования РНК-метилтрансфераз бактерий позволили выявить эволюционный аспект функционирования метилтрансфераз в клетках эукариот. Бионформатический анализ позволяет выявлять новые гены потенциальных РНК-метилтраснфераз, а последующие экспериментальные подходы идентифицировать ферменты и определять их мишени, а также влияние на функционирование клеток. В работе используются современные подходы, в том числе геномное редактирование при помощи системы CRISPR/Cas9 в линиях клеток эукариот и в лабораторных животных.

Поиск новых антибиотиков

+
Антибиотики подавляют рост клеток или приводят к их смерти. В отделе создана система высокопроизводительного скрининга потенциальных антибактериальных и цитотоксических препаратов, которая используется для анализа обширных коллекций соединений, как синтетического, так и природного происхождения. Репортная система, используемая в бактериях, позволяет на самом первом этапе скрининга выявить соединения, приводящие к ингибированию биосинтеза белка или ДНК. Коллекции соединений используются для поиска ингибиторов роста клеток эукариот. Скрининг токсичных против опухолевых клеток веществ позволяет выявлять соединения, преимущественно ингибирующие жизнедеятельность раковых клеток и не влияющие на выживаемость нормальных клеток в клеточной модели опухолевого микроокружения.

Изучение теломеразы

+
Изучение структурно-функциональных особенностей теломеразы с использованием в качестве модельной системы простейшего эукариотического организма – дрожжей Hansenula polymorpha. Термотолерантность этого вида дрожжей обеспечивает стабильность белков, что позволяет проводить структурные исследования компонентов теломеразы. Исследования теломеразы высших эукариот (в т.ч. изучение человека). Предметом особенного интереса является регуляция экспрессии основных компонентов теломеразы в человеческих клетках, биогенез теломеразной РНК и альтернативные функции фермента, не связанные с синтезом теломерной ДНК.

Первичное биотестирование de novo синтезированных химических препаратов

+
Первичное биотестирование
de novo синтезированных химических препаратов
Данное направление подразумевает оценку цитотоксичности, в т.ч. дифференциальной, оценку непосредственного химического повреждения препаратами ДНК, адресный анализ предполагаемых мишеней препаратов (деблокирование в клетке белка p53, оценку ингибирования теломеразы, связывание с андрогеновыми рецепторами, ингибирование PSMA и др.). Работа ведется в тесном сотрудничеств с несколькими синтетическими группами на химическом факультете (на 3-м курсе студенты смогут сами “сварить” вещества в рамках курсовой работы по орг. химии и сами проверить их биологическое действие).

Публикации и патенты

Expression of CASC8 RNA in Human Pancreatic Cancer Cell Lines
Burenina O.Y., Lazarevich N.L., Kustova I.F., Zatsepin T.S., Rubtsova M.P., Dontsova O.A.
Q3 Doklady Biochemistry and Biophysics 2022 цитирований: 0
How Structural Features Define Biogenesis and Function of Human Telomerase RNA Primary Transcript
Rubtsova M., Dontsova O.
Q1 Biomedicines 2022 цитирований: 0
Open Access
Open access
Williams-Beuren Syndrome Related Methyltransferase WBSCR27: From Structure to Possible Function
Mariasina S.S., Chang C., Navalayeu T.L., Chugunova A.A., Efimov S.V., Zgoda V.G., Ivlev V.A., Dontsova O.A., Sergiev P.V., Polshakov V.I.
Q1 Frontiers in Molecular Biosciences 2022 цитирований: 0
Open Access
Open access
Mechanism of mitoribosomal small subunit biogenesis and preinitiation
Itoh Y., Khawaja A., Laptev I., Cipullo M., Atanassov I., Sergiev P., Rorbach J., Amunts A.
Q1 Nature 2022 цитирований: 4
Role of RNA Biogenesis Factors in the Processing and Transport of Human Telomerase RNA
Pakhomova T., Moshareva M., Vasilkova D., Zatsepin T., Dontsova O., Rubtsova M.
Q1 Biomedicines 2022 цитирований: 0
Open Access
Open access
Mitochondrial rRNA Methylation by Mettl15 Contributes to the Exercise and Learning Capability in Mice
Averina O.A., Laptev I.G., Emelianova M.A., Permyakov O.A., Mariasina S.S., Nikiforova A.I., Manskikh V.N., Grigorieva O.O., Bolikhova A.K., Kalabin G.A., Dontsova O.A., Sergiev P.V.
Q1 International Journal of Molecular Sciences 2022 цитирований: 1
Open Access
Open access
RtcB2‐PrfH Operon Protects E. coli ATCC25992 Strain from Colicin E3 Toxin
Maviza T.P., Zarechenskaia A.S., Burmistrova N.R., Tchoub A.S., Dontsova O.A., Sergiev P.V., Osterman I.A.
Q1 International Journal of Molecular Sciences 2022 цитирований: 0
Open Access
Open access
Ribosomal protein S18 acetyltransferase RimI is responsible for the acetylation of elongation factor Tu
Pletnev P.I., Shulenina O., Evfratov S., Treshin V., Subach M.F., Serebryakova M.V., Osterman I.A., Paleskava A., Bogdanov A.A., Dontsova O.A., Konevega A.L., Sergiev P.V.
Q1 Journal of Biological Chemistry 2022 цитирований: 1
Open Access
Open access
Telomere length regulation by Rif1 protein from Hansenula polymorpha
Malyavko A.N., Petrova O.A., Zvereva M.I., Polshakov V.I., Dontsova O.A.
Q1 eLife 2022 цитирований: 0
Open Access
Open access
Synthesis and Characterization of Novel 2-Acyl-3-trifluoromethylquinoxaline 1,4-Dioxides as Potential Antimicrobial Agents
Buravchenko G.I., Maslov D.A., Alam M.S., Grammatikova N.E., Frolova S.G., Vatlin A.A., Tian X., Ivanov I.V., Bekker O.B., Kryakvin M.A., Dontsova O.A., Danilenko V.N., Zhang T., Shchekotikhin A.E.
Q1 Pharmaceuticals 2022 цитирований: 1
Open Access
Open access
Eukaryotic Ribosome Biogenesis: The 40S Subunit
Moraleva A.A., Deryabin A.S., Rubtsov Y.P., Rubtsova M.P., Dontsova O.A.
Q3 Acta Naturae 2022 цитирований: 0
Open Access
Open access
Human Telomerase RNA Protein Encoded by Telomerase RNA is Involved in Metabolic Responses
Shliapina V., Koriagina M., Vasilkova D., Govorun V., Dontsova O., Rubtsova M.
Q1 Frontiers in Cell and Developmental Biology 2021 цитирований: 0
Open Access
Open access
110 Development competence of β-lactoglobulin gene editing bovine embryos producing by CRISPR/Cas9 and somatic cell nuclear transfer
Shedova E.N., Singina G.N., Sergiev V.P., Rubtsova M.P., Ravin N.V., Lopukhov A.V., Polejaeva I.A., Dontsova O.A., Zinovieva N.A.
Q2 Reproduction, Fertility and Development 2021 цитирований: 0
From Toxicity to Selectivity: Coculture of the Fluorescent Tumor and Non-Tumor Lung Cells and High-Throughput Screening of Anticancer Compounds
Skvortsov D.A., Kalinina M.A., Zhirkina I.V., Vasilyeva L.A., Ivanenkov Y.A., Sergiev P.V., Dontsova O.A.
Q1 Frontiers in Pharmacology 2021 цитирований: 1
Open Access
Open access
Comparative analysis of genome editors efficiency on a model of mice zygotes microinjection
Averina O.A., Permyakov O.A., Grigorieva O.O., Starshin A.S., Mazur A.M., Prokhortchouk E.B., Dontsova O.A., Sergiev P.V.
Q1 International Journal of Molecular Sciences 2021 цитирований: 0
Open Access
Open access
Головина А. Я., Дзама М. М., Остерман И. А., Сергиев П. В., Серебрякова М. В., Богданов А. А., Донцова О. А.
RU2522863, 2014
Остерман И. А., Андреянова Е. С., Сергиев П. В., Евфратов С. А., Донцова О. А., Иваненков Я. А., Лаптев И. Г., Плетнев Ф. И., Марусич Е. И., Леонов С. В., Головина А. Я.
RU2620074, 2017
Мажуга А. Г., Зверева М. Э., Агрон Л. А., Белоглазкина Е. К., Ворожцов Н. И., Донцова О. А., Зык Н. В., Киселев Ф. Л., Скворцов Д. А.
RU2468030, 2012

Партнёры

Местонахождение лаборатории

Москва, Ленинские Горы, дом 1, стр. 40
Необходимо авторизоваться.