Лаборатория квантовой химии и молекулярного моделирования

Число
публикаций
Общее число
цитирований
Индекс
Хирша
323
4296
32
283
3860
31
Необходимо авторизоваться.
Команда лаборатории

Чем мы занимаемся?

Теоретические исследования строения и динамики молекул (от малоатомных до биомолекул) и их комплексов с использованием методов квантовой химии и компьютерного моделирования

Используемые методы

  • Теория квантовой механики/молекулярной механики (КМ/ММ)
  • Молекулярная динамика и квантово-химические расчеты
Александр Немухин

Заведующий лабораторией

Белла Григоренко

Главный научный сотрудник

Сергей Краснощеков

Ведущий научный сотрудник

Лейла Устынюк

Старший научный сотрудник

Александр Московский

Старший научный сотрудник

Владимир Миронов

Старший научный сотрудник

Александр Ермилов

Старший научный сотрудник

Татьяна Домрачева

Старший научный сотрудник

Игорь Поляков

Научный сотрудник

Анна Кулакова

Научный сотрудник

Юлия Метелешко

Младший научный сотрудник

Направления исследований

Комплексы хромофоров флуоресцентных белков

+
Комплексы хромофоров флуоресцентных белков

Исследование строения и различных свойств комплексов хромофоров флуоресцентных белков методами КМ/ММ и QTAIM с целью предсказания их спектральных свойств

Молекулярное моделирование механизмов ферментативных реакций фосфорилирования-дефосфорилирования

+
Молекулярное моделирование механизмов ферментативных реакций фосфорилирования-дефосфорилирования

Реакции фосфорилирования/дефосфорилирования лежат в основе многих процессов: от ингибирования холинэстераз фосфорорганическими боевыми отравляющими веществами до передачи клеточного сигнала белками RAS

Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах

+
Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах

В данной тематике с помощью методов квантовой химии исследуются строение и свойства флуоресцентных белков с целью усовершенствования их спектральных свойств

Публикации и патенты

Q1
Stalling chromophore synthesis of the fluorescent protein Venus reveals the molecular basis of the final oxidation step
Auhim H.S., Grigorenko B.L., Harris T.K., Aksakal O.E., Polyakov I.V., Berry C., Gomes G.D., Alabugin I.V., Rizkallah P.J., Nemukhin A.V., Jones D.D.
Chemical Science, 2021, цитирований: 0
Q3
Q2
Modeling reaction routes from rhodopshin to bathorhodopsin
Khrenova M.G., Bochenkova A.V., Nemukhin A.V.
Proteins: Structure, Function and Genetics, 2021, цитирований: 9
Q1
Frontiers in Multiscale Modeling of Photoreceptor Proteins
Mroginski M., Adam S., Amoyal G.S., Barnoy A., Bondar A., Borin V.A., Church J.R., Domratcheva T., Ensing B., Fanelli F., Ferré N., Filiba O., Pedraza‐González L., González R., González‐Espinoza C.E., et. al.
Photochemistry and Photobiology, 2021, цитирований: 1
Q1
Modeling photophysical properties of the bacteriophytochrome-based fluorescent protein IFP1.4
Grigorenko B.L., Polyakov I.V., Nemukhin A.V.
Journal of Chemical Physics, 2021, цитирований: 0
Q1
Interplay between Locally Excited and Charge Transfer States Governs the Photoswitching Mechanism in the Fluorescent Protein Dreiklang
Sen T., Ma Y., Polyakov I.V., Grigorenko B.L., Nemukhin A.V., Krylov A.I.
Journal of Physical Chemistry B, 2021, цитирований: 1
Q3
In silico specificity determination of neoantigen-reactive T-lymphocytes
Kniga A.E., Polyakov I.V., Nemukhin A.V.
Biomeditsinskaya Khimiya, 2021, цитирований: 0
Q3
Molecular mechanism of chromogenic substrate hydrolysis in the active site of human carboxylesterase-1
Kulakova A.M., Khrenova M.G., Nemukhin A.V.
Biomeditsinskaya Khimiya, 2021, цитирований: 0
Q4
Model of the RNA Polymerase Complex of the SARS-CoV-2 Virus with Favipiravir
Polyakov I.V., Grigorenko B.L., Nemukhin A.V.
Russian Journal of Physical Chemistry B, 2021, цитирований: 0
Q4
QM/MM Approaches Shed Light on GFP Puzzles
Nemukhin A.V., Grigorenko B.L.
Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, 2021, цитирований: 1
Q1
Dipole Moment Variation Clears up Electronic Excitations in the π-Stacked Complexes of Fluorescent Protein Chromophores
Khrenova M.G., Mulashkin F.D., Bulavko E.S., Zakharova T.M., Nemukhin A.V.
Journal of Chemical Information and Modeling, 2020, цитирований: 0
Q4
Computer Modeling of N-Acetylglutamate Synthase: From Primary Structure to Elemental Stages of Catalysis
Polyakov I.V., Kniga A.E., Grigorenko B.L., Nemukhin A.V., Varfolomeev S.D.
Doklady Biochemistry and Biophysics, 2020, цитирований: 0
Q1
Dynamical properties of enzyme-substrate complexes disclose substrate specificity of the SARS-CoV-2 main protease as characterized by the electron density descriptors
Khrenova M.G., Tsirelson V.G., Nemukhin A.V.
Physical Chemistry Chemical Physics, 2020, цитирований: 9
Q2
Discrimination of enzyme–substrate complexes by reactivity using the electron density analysis: peptide bond hydrolysis by the matrix metalloproteinase-2
Khrenova M.G., Nemukhin A.V., Tsirelson V.G.
Mendeleev Communications, 2020, цитирований: 6

Партнёры

Местонахождение лаборатории

Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 3

Необходимо авторизоваться.