Лаборатория квантовой химии и молекулярного моделирования

Число
публикаций
Общее число
цитирований
Индекс
Хирша
328
4184
31
331
4446
33
283
3922
32
Необходимо авторизоваться.

Организация

  • Химический факультет МГУ

Области науки

  • Вычислительная химия
Команда лаборатории

Чем мы занимаемся?

Теоретические исследования строения и динамики молекул (от малоатомных до биомолекул) и их комплексов с использованием методов квантовой химии и компьютерного моделирования

Используемые методы

  • Теория квантовой механики/молекулярной механики (КМ/ММ)
  • Молекулярная динамика и квантово-химические расчеты
Александр Немухин
Заведующий лабораторией
Белла Григоренко
Главный научный сотрудник
Сергей Краснощеков
Ведущий научный сотрудник
Лейла Устынюк
Старший научный сотрудник
Александр Московский
Старший научный сотрудник
Владимир Миронов
Старший научный сотрудник
Александр Ермилов
Старший научный сотрудник
Татьяна Домрачева
Старший научный сотрудник
Игорь Поляков
Научный сотрудник
Анна Кулакова
Научный сотрудник
Юлия Метелешко
Младший научный сотрудник

Направления исследований

Комплексы хромофоров флуоресцентных белков

+
Комплексы хромофоров флуоресцентных белков

Исследование строения и различных свойств комплексов хромофоров флуоресцентных белков методами КМ/ММ и QTAIM с целью предсказания их спектральных свойств

Молекулярное моделирование механизмов ферментативных реакций фосфорилирования-дефосфорилирования

+
Молекулярное моделирование механизмов ферментативных реакций фосфорилирования-дефосфорилирования

Реакции фосфорилирования/дефосфорилирования лежат в основе многих процессов: от ингибирования холинэстераз фосфорорганическими боевыми отравляющими веществами до передачи клеточного сигнала белками RAS

Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах

+
Моделирование строения и свойств биомолекул для многоцветной флуоресцентной визуализации в живых системах

В данной тематике с помощью методов квантовой химии исследуются строение и свойства флуоресцентных белков с целью усовершенствования их спектральных свойств

Публикации и патенты

Two sides of quantum-based modeling of enzyme-catalyzed reactions: Mechanistic and electronic structure aspects of the hydrolysis by glutamate carboxypeptidase
Krivitskaya A.V., Khrenova M.G., Nemukhin A.V.
Molecules 2021 цитирований: 0
Open Access
Open access
Computer Modeling of Structures of Reversibly Switchable Fluorescent Proteins with LOV Domains
Meteleshko Y.I., Khrenova M.G., Nemukhin A.V.
Q4 Crystallography Reports 2021 цитирований: 0
Mechanism of guanosine triphosphate hydrolysis by the visual proteins arl3-rp2: Free energy reaction profiles computed with ab initio type qm/mm potentials
Khrenova M.G., Bulavko E.S., Mulashkin F.D., Nemukhin A.V.
Molecules 2021 цитирований: 1
Open Access
Open access
Stalling chromophore synthesis of the fluorescent protein Venus reveals the molecular basis of the final oxidation step
Auhim H.S., Grigorenko B.L., Harris T.K., Aksakal O.E., Polyakov I.V., Berry C., Gomes G.D., Alabugin I.V., Rizkallah P.J., Nemukhin A.V., Jones D.D.
Chemical Science 2021 цитирований: 3
Open Access
Open access
Computational Modeling of the SARS-CoV-2 Main Protease Inhibition by the Covalent Binding of Prospective Drug Molecules
Supercomputing Frontiers and Innovations 2021 цитирований: 0
Modeling reaction routes from rhodopshin to bathorhodopsin
Khrenova M.G., Bochenkova A.V., Nemukhin A.V.
Russian Chemical Bulletin 2021 цитирований: 18
Frontiers in Multiscale Modeling of Photoreceptor Proteins
Mroginski M., Adam S., Amoyal G.S., Barnoy A., Bondar A., Borin V.A., Church J.R., Domratcheva T., Ensing B., Fanelli F., Ferré N., Filiba O., Pedraza‐González L., González R., González‐Espinoza C.E., et. al.
Photochemistry and Photobiology 2021 цитирований: 5
Modeling photophysical properties of the bacteriophytochrome-based fluorescent protein IFP1.4
Grigorenko B.L., Polyakov I.V., Nemukhin A.V.
Journal of Chemical Physics 2021 цитирований: 1
Interplay between Locally Excited and Charge Transfer States Governs the Photoswitching Mechanism in the Fluorescent Protein Dreiklang
Sen T., Ma Y., Polyakov I.V., Grigorenko B.L., Nemukhin A.V., Krylov A.I.
Journal of Physical Chemistry B 2021 цитирований: 2
In silico specificity determination of neoantigen-reactive T-lymphocytes
Kniga A.E., Polyakov I.V., Nemukhin A.V.
Biomeditsinskaya Khimiya 2021 цитирований: 2
Molecular mechanism of chromogenic substrate hydrolysis in the active site of human carboxylesterase-1
Kulakova A.M., Khrenova M.G., Nemukhin A.V.
Biomeditsinskaya Khimiya 2021 цитирований: 0
Model of the RNA Polymerase Complex of the SARS-CoV-2 Virus with Favipiravir
Polyakov I.V., Grigorenko B.L., Nemukhin A.V.
Russian Journal of Physical Chemistry B 2021 цитирований: 0
Open Access
Open access
QM/MM Approaches Shed Light on GFP Puzzles
Nemukhin A.V., Grigorenko B.L.
Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics 2021 цитирований: 1
Modeling Spectral Tuning in Red Fluorescent Proteins Using the Dipole Moment Variation upon Excitation
Khrenova M.G., Mulashkin F.D., Nemukhin A.V.
Q1 Journal of Chemical Information and Modeling 2021 цитирований: 0

Партнёры

Местонахождение лаборатории

Москва, Ленинские горы, д. 1, стр. 3
Необходимо авторизоваться.