Лаборатория структурных исследований аппарата трансляции
Публикаций
78
Цитирований
1 420
Индекс Хирша
21
Необходимо авторизоваться.
Лаборатория работает в тесном сотрудничестве с Группой структурных исследований рибосомных белков ИБ РАН и Группой структурных исследований макромолекулярных комплексов ИБ РАН. В целом наш дружный коллектив составляет 18 научных сотрудников (из них 3 человека - доктора наук), 5 инженеров, 5 аспирантов и 5 студентов.
Мы занимаемся структурно-функциональными исследованиями компонентов аппарата трансляции, определением структур белков и РНК-белковых комплексов методами рентгеновской кристаллографии с незапамятных времен, точнее, с 80-х годов прошлого века.
- Рентгеноструктурный анализ
- Поверхностный плазмонный резонанс
- Колоночная хроматография
- Гель-проникающая хроматография
- Кристаллизация
- Спектрофлуорометрия
- Флуоресценция
- Гель-электрофорез
Предназначена для быстрой очистки белков, пептидов и нуклеиновых кислот от 0,001 мл/мин до 150 мл/мин. Программное обеспечение управления UNICORN также может быть настроено путем добавления дополнительных функций, таких как Design of Experiments (DoE) для расширенной оптимизации методов и журнала журналов столбцов для хранения правильных записей столбцов.
Самая быстрая система визуализации хемилюминесценции, флуоресценции и колориметрии. Управляется программным обеспечением для захвата и анализа изображений Image Lab.
Рентгеновский монокристальный дифрактометр Rigaku XtaLAB Synergy-S с мультифокусным источником PhotonJet-S (медный анод) и HPC детектором в комплекте с криостатом на жидком азоте (стандартная температура потока 100К).
Микробиологический бокс
Лабораторная комната
Коридор Института
Работа в микробиологическом боксе
Биохимическая лаборатория
Алексей Никулин
Заведующий
Станислав Никонов
Главный научный сотрудник
Светлана Тищенко
Ведущий научный сотрудник
Ольга Костарева
Старший научный сотрудник
Олег Никонов
Старший научный сотрудник
Екатерина Никонова
Старший научный сотрудник
Олеся Кравченко
Старший научный сотрудник
Наталья Леконцева
Старший научный сотрудник
Наталия Невская
Старший научный сотрудник
Сергей Байдаков
Ведущий Инженер
Ульяна Джус
Научный сотрудник
Елена Максимова
Научный сотрудник
Алиса Михайлина
Научный сотрудник
Наталья Леонова
Инженер
Нина Матвеева
Инженер
Виктория Колесникова
Младший научный сотрудник
Владимир Андрейцев
Старший лаборант
Всего публикаций
73
Всего цитирований
1503
Цитирований на публикацию
20.59
Среднее число публикаций в год
2.61
Годы публикаций
1996-2023 (28 лет)
h-index
22
i10-index
42
m-index
0.79
o-index
55
g-index
36
w-index
6
Описание метрик
h-index
Учёный имеет индекс h, если h из его N статей цитируются как минимум h раз каждая, в то время как оставшиеся (N - h) статей цитируются не более чем h раз каждая.
i10-index
Число статей автора, получивших не менее 10 ссылок каждая.
m-index
m-индекс ученого численно равен отношению его h-индекса к количеству лет, прошедших с момента первой публикации.
o-index
Среднее геометрическое h-индекса и числа цитирований наиболее цитируемой статьи ученого.
g-index
Для данного множества статей, отсортированного в порядке убывания количества цитирований, которые получили эти статьи, g-индекс это наибольшее число, такое что g самых цитируемых статей получили (суммарно) не менее g2 цитирований.
w-index
Если w статей ученого имеют не менее 10w цитирований каждая и другие статьи меньше, чем 10(w+1) цитирований, то w-индекс исследователя равен w.
Топ-100
Области наук
Журналы
Цитирующие журналы
Цитируемые журналы
Издатели
|
5
10
15
20
25
|
|
|
Elsevier
22 публикации, 30.14%
|
|
|
Pleiades Publishing
19 публикаций, 26.03%
|
|
|
International Union of Crystallography (IUCr)
10 публикаций, 13.7%
|
|
|
MDPI
6 публикаций, 8.22%
|
|
|
Springer Nature
4 публикации, 5.48%
|
|
|
Taylor & Francis
2 публикации, 2.74%
|
|
|
De Gruyter Brill
1 публикация, 1.37%
|
|
|
Wiley
1 публикация, 1.37%
|
|
|
Oxford University Press
1 публикация, 1.37%
|
|
|
IOS Press
1 публикация, 1.37%
|
|
|
American Chemical Society (ACS)
1 публикация, 1.37%
|
|
|
Public Library of Science (PLoS)
1 публикация, 1.37%
|
|
|
American Society for Biochemistry and Molecular Biology
1 публикация, 1.37%
|
|
|
The Russian Academy of Sciences
1 публикация, 1.37%
|
|
|
Acta Naturae Ltd
1 публикация, 1.37%
|
|
|
European Molecular Biology Organization
1 публикация, 1.37%
|
|
|
5
10
15
20
25
|
Организации из публикаций
Страны из публикаций
|
10
20
30
40
50
60
70
|
|
|
Россия
|
Россия, 67, 91.78%
Россия
67 публикаций, 91.78%
|
|
Страна не определена
|
Страна не определена, 9, 12.33%
Страна не определена
9 публикаций, 12.33%
|
|
Австрия
|
Австрия, 9, 12.33%
Австрия
9 публикаций, 12.33%
|
|
Германия
|
Германия, 6, 8.22%
Германия
6 публикаций, 8.22%
|
|
Франция
|
Франция, 5, 6.85%
Франция
5 публикаций, 6.85%
|
|
США
|
США, 4, 5.48%
США
4 публикации, 5.48%
|
|
Швеция
|
Швеция, 3, 4.11%
Швеция
3 публикации, 4.11%
|
|
Япония
|
Япония, 3, 4.11%
Япония
3 публикации, 4.11%
|
|
Италия
|
Италия, 2, 2.74%
Италия
2 публикации, 2.74%
|
|
Австралия
|
Австралия, 1, 1.37%
Австралия
1 публикация, 1.37%
|
|
Великобритания
|
Великобритания, 1, 1.37%
Великобритания
1 публикация, 1.37%
|
|
Венгрия
|
Венгрия, 1, 1.37%
Венгрия
1 публикация, 1.37%
|
|
10
20
30
40
50
60
70
|
Цитирующие организации
Цитирующие страны
- Мы не учитываем публикации, у которых нет DOI.
- Статистика пересчитывается раз в сутки.
Направления исследований
Взаимодействие предполагаемых РНК-шаперонов Mycobacterium tuberculosis с РНК
+
Регуляция экспрессии генов транс-кодируемыми малыми регуляторными РНК (мрРНК) – динамично развивающееся направление молекулярной биологии. Методами биоинформатики (сравнительный анализ) и геномики (RNA-seq и др.) идентифицировано большое число мрРНК M. tuberculosis, однако только для некоторых из них достоверно подтверждено их функциональное значение. В большинстве бактерий важную роль в функционировании мрРНК занимают так называемые РНК-шапероны - белки, способствующие взаимодействию мрРНК с мРНК благодаря своей функции разрушать (плавить) вторичную структуру молекул РНК и обеспечивать непосредственный контакт двух РНК на поверхности белка. Функционирование РНК-шаперонов в целом ряде грам-отрицательных и грам-положительных бактерий активно исследуется, однако их возможное участие в регуляции экспрессии генов в микобактериях практически не изучено.
Идентификация LepA-зависимых мРНК с помощью селективного рибосомного профайлинга с целью определения функции рибосома-зависимой ГТФазы LepA у бактерий
+
Проект направлен на решение одной из фундаментальных проблем молекулярной биологии это выяснение функции высоко консервативной и универсальной рибосома-зависимой ГТФазы LepA. В эукариотах LepA необходим для биогенеза жизненно-важных органелл – хлоропластов и митохондрий. Нарушение работы LepA ингибирует фотосинтез у растений и приводит к мужскому бесплодию у мышей или раковой трансформации клеток у человека с последующим агрессивным метастазированием, у бактерий выявляется достаточно неоднородный спектр эффектов. Отсутствие общих критериев объединения разнообразия вторичных эффектов, вызываемых нарушением функциональной активности LepA, не позволяет понять функцию этого белка.
Мы предлагаем применить редкую, но довольно эффективную модификацию современной технологии рибосомного профайлинга – селективный рибосомный профайлинг для исследования бактериального LepA в трансляции, который ранее не был применен для изучения LepA, но успешно используется в лабораториях за рубежом в исследованиях трансляционных факторов. Такой подход позволит отобрать из клеток Escherichia coli рибосомные комплексы, ассоциированные с белком LepA. Сравнение рибосомного профилирования ∆lepA штамма и профилирование рибосом, отобранных с помощью антител к LepA, из клеток штамма дикого типа позволит нам обнаружить набор мРНК, чья эффективность трансляции действительно зависит от LepA и определить их особенности. Более того, селективный рибосомный профайлинг помогает определить стадии трансляции, которые проходят с участием интересующего белка путем картирования положения LepA-связанных рибосом на таких матрицах.
Полученные результаты можно будет экстраполировать, и использовать для объяснения вторичных эффектов, вызываемых нарушением работы LepA в мышах, человеке и растениях. Поняв молекулярные механизмы работы белка LepA, можно разработать способы снижения вторичных эффектов, вызываемых его повышенной экспрессией в опухолях.
Фактор восприимчивости eIF4E: рациональный дизайн мутаций и получение растений, устойчивых к вирусу Y картофеля
+
В данной работе мы планируем изучить один из важнейших аспектов жизни культурных растений, а именно их реакцию на вирусную инфекцию. Возникновение вирусоустойчивости растений и ее преодоление вирусом представляет собой постоянный эволюционный процесс. В случае культурных растений понимание этого процесса имеет огромное значение не только с точки зрения фундаментальной науки, но и непосредственно прикладное, т.к. фитопатогены вирусной природы представляют собой одну из наиболее значимых угроз продовольственной безопасности человечества. Несмотря на активные научные изыскания в данной области до сих пор нет четкого представления о молекулярных механизмах, лежащих в основе формирования и преодоления вирусоустойчивости у растений. В качестве объекта исследований мы выбрали представителей семейства Пасленовых, к которым относится множество сельскохозяйственных культур, и Y вирус картофеля, который является одним из наиболее часто встречающихся и вредоносных вирусных патогенов для этих растений.
Критически важным моментом развития вирусной инфекции в растительной клетке для Y вируса картофеля является взаимодействие белка VPg с кэп-связывающими белками eIF4E клетки-хозяина. Белок VPg представляет собой с функциональной точки зрения имитацию кэп структуры и ковалентно связан с вирусной мРНК. В ходе инициации трансляции мРНК вируса этот белок узнает и связывает фактор инициации трансляции 4E (eIF4E) растений. Без формирования такого специфичного и стабильного комплекса жизненный цикл вируса будет прерван. Следует отметить, что у растений существует несколько изоформ белков семейства eIF4E. С чем связано разнообразие eIF4E, до сих пор не вполне ясно. Вирус избирательно взаимодействует с одной из изоформ eIF4E. В процессе формирования устойчивости растением VPg может переключиться на использование другой изоформы растительного кэп связывающего фактора или компенсировать возникновение устойчивости появлением аминокислотных замен в своей последовательности. На данный момент отсутствует экспериментальная информация, позволяющая детально рассмотреть взаимодействие белков семейства eIF4E и VPg со структурной точки зрения на уровне изучения образующихся при этом межмолекулярных интерфейсов. Более того, такой информации крайне не хватает как для отдельно взятых растительных факторов, так и для вирусных белков. Биохимических данных, позволяющих провести исчерпывающий анализ специфичности и прочности образующихся комплексов, на данный момент тоже явно недостаточно. Именно эти пробелы и призвана заполнить данная работа. В результате выполнения проекта будет определен молекулярный механизм взаимодействия eIF4E представителей Solonaceae с VPg, а также получены генетически редактированные растения.
Изучение механизмов трансляции с помощью крио-электронной микроскопии
+
Проект направлен на изучение базовых процессов – регуляции экспрессии генов на уровне трансляции и биогенеза рибосом, исключительно важных для функционирования каждой живой системы (клетки или организма). Регуляция экспрессии генов с помощью малых регуляторных РНК (мрРНК) и белковых РНК-шаперонов широко распространена в патогенных бактериях и часто активируется при внешних стрессах (в том числе воздействие антибиотиков), регулирует экспрессию генов вирулентности, чувства кворума, формирования биопленок. Мы планируем впервые, на основе крио-ЭМ анализа комплексов, образующихся на различных этапах взаимодействия мРНК с мрРНК и РНК-шапероном Hfq, создать детализированную модель данного типа регуляции. Это позволит заполнить существующие пробелы в предлагаемых моделях и выявить новые возможные мишени для воздействия на экспрессию генов в бактериях, включая патогенные. Кроме того, с помощью крио-ЭМ анализа мы планируем выявить роль белка RimJ в биогенезе бактериальных рибосом на структурном уровне. Это поможет пониманию такого слабоизученного фундаментального процесса как биогенез рибосом, интегрировав новый обнаруженный белковый фактор созревания рибосом в сложную сеть участников этого процесса. Умение манипулировать биогенезом рибосом, жизненно-важным процессом клетки, может помочь в поисках мишеней для новых антибактериальных препаратов. С другой стороны, такие современные вызовы, как появление новых патогенных вирусов, регуляция экспрессии генов которых происходит почти исключительно на уровне трансляции, требуют получения новых знаний, в том числе структурных, об инициации трансляции у эукариот.
Публикации и патенты
Найдено
Ничего не найдено, попробуйте изменить настройки фильтра.
2024
—
2025
| Никулин Алексей Донатович
2024
—
2025
| Столбоушкина Елена Александровна
2018
—
2020
| Никулин Алексей Донатович
2017
—
2019
| Костарева Ольга Сергеевна
2015
—
2017
| Гарбер Мария Борисовна
2014
—
2016
| Никулин Алексей Донатович
Партнёры
Адрес лаборатории
Московская область, г. Пущино, ул. Институтская, 4, Институт белка РАН
Необходимо авторизоваться.