Лаборатория стрессоустойчивости растений
Публикаций
27
Цитирований
163
Индекс Хирша
7
Необходимо авторизоваться.
Мы изучаем молекулярные механизмы устойчивости культурных растений к неблагоприятным факторам окружающей среды. Работа ведется в двух основных направлениях: поиск генов, определяющих устойчивость растений к абиотическому и биотическому стрессам и редактирование генома культурных растений с целью повышения их стрессоустойчивости. Исследовательская работа поддержана грантами.
Мы готовы принять в наш коллектив студентов бакалавриата и магистратуры, которые с энтузиазмом относятся к научной работе и хотят научиться современным методам генной инженерии и молекулярной биологии. У нас можно приобрести опыт работы в лаборатории, сделать дипломную работу хорошего уровня и представить ее на международных конференциях.
- Геномное редактирование
- CRISPR/Cas9-опосредованное редактирование геномов растений
- Агробактериальная трансформация растений
- ПЦР
- ПЦР-РВ
- Получение бактериальных и эукариотических векторов с использованием генно-инженерных подходов
- Создание генноинженерных конструкций для экспрессии целевых белков
- Работа с белок-белковыми и ДНК-белковыми комплексами, в том числе оценка аффинности, идентификация сайтов взаимодействия между белками, определение сайта связывания белка на ДНК
Василий Таранов
Заведующий
Алексей Бабаков
Главный научный сотрудник
Марина Лебедева
Старший научный сотрудник
Вероника Никаноркина
Аспирант
Оксана Ражина
Аспирант
Александр Антипов
Аспирант
Полина Козенкова
Лаборант-исследователь
Полина Ражина
Лаборант-исследователь
Всего публикаций
24
Всего цитирований
225
Цитирований на публикацию
9.38
Среднее число публикаций в год
0.96
Годы публикаций
2000-2024 (25 лет)
h-index
7
i10-index
5
m-index
0.28
o-index
17
g-index
14
w-index
3
Описание метрик
h-index
Учёный имеет индекс h, если h из его N статей цитируются как минимум h раз каждая, в то время как оставшиеся (N - h) статей цитируются не более чем h раз каждая.
i10-index
Число статей автора, получивших не менее 10 ссылок каждая.
m-index
m-индекс ученого численно равен отношению его h-индекса к количеству лет, прошедших с момента первой публикации.
o-index
Среднее геометрическое h-индекса и числа цитирований наиболее цитируемой статьи ученого.
g-index
Для данного множества статей, отсортированного в порядке убывания количества цитирований, которые получили эти статьи, g-индекс это наибольшее число, такое что g самых цитируемых статей получили (суммарно) не менее g2 цитирований.
w-index
Если w статей ученого имеют не менее 10w цитирований каждая и другие статьи меньше, чем 10(w+1) цитирований, то w-индекс исследователя равен w.
Топ-100
Области наук
|
1
2
3
4
5
6
7
|
|
|
Biochemistry
|
Biochemistry, 7, 29.17%
Biochemistry
7 публикаций, 29.17%
|
|
General Medicine
|
General Medicine, 6, 25%
General Medicine
6 публикаций, 25%
|
|
Plant Science
|
Plant Science, 6, 25%
Plant Science
6 публикаций, 25%
|
|
Biophysics
|
Biophysics, 4, 16.67%
Biophysics
4 публикации, 16.67%
|
|
Genetics
|
Genetics, 3, 12.5%
Genetics
3 публикации, 12.5%
|
|
Applied Microbiology and Biotechnology
|
Applied Microbiology and Biotechnology, 3, 12.5%
Applied Microbiology and Biotechnology
3 публикации, 12.5%
|
|
Biotechnology
|
Biotechnology, 3, 12.5%
Biotechnology
3 публикации, 12.5%
|
|
Agronomy and Crop Science
|
Agronomy and Crop Science, 3, 12.5%
Agronomy and Crop Science
3 публикации, 12.5%
|
|
Molecular Biology
|
Molecular Biology, 2, 8.33%
Molecular Biology
2 публикации, 8.33%
|
|
Structural Biology
|
Structural Biology, 2, 8.33%
Structural Biology
2 публикации, 8.33%
|
|
Ecology
|
Ecology, 2, 8.33%
Ecology
2 публикации, 8.33%
|
|
General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
|
General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 1, 4.17%
General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology
1 публикация, 4.17%
|
|
Cell Biology
|
Cell Biology, 1, 4.17%
Cell Biology
1 публикация, 4.17%
|
|
General Agricultural and Biological Sciences
|
General Agricultural and Biological Sciences, 1, 4.17%
General Agricultural and Biological Sciences
1 публикация, 4.17%
|
|
Health, Toxicology and Mutagenesis
|
Health, Toxicology and Mutagenesis, 1, 4.17%
Health, Toxicology and Mutagenesis
1 публикация, 4.17%
|
|
Physiology
|
Physiology, 1, 4.17%
Physiology
1 публикация, 4.17%
|
|
Ecology, Evolution, Behavior and Systematics
|
Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 1, 4.17%
Ecology, Evolution, Behavior and Systematics
1 публикация, 4.17%
|
|
Geriatrics and Gerontology
|
Geriatrics and Gerontology, 1, 4.17%
Geriatrics and Gerontology
1 публикация, 4.17%
|
|
Soil Science
|
Soil Science, 1, 4.17%
Soil Science
1 публикация, 4.17%
|
|
Biochemistry, Genetics and Molecular Biology (miscellaneous)
|
Biochemistry, Genetics and Molecular Biology (miscellaneous), 1, 4.17%
Biochemistry, Genetics and Molecular Biology (miscellaneous)
1 публикация, 4.17%
|
|
Horticulture
|
Horticulture, 1, 4.17%
Horticulture
1 публикация, 4.17%
|
|
Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous)
|
Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous), 1, 4.17%
Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous)
1 публикация, 4.17%
|
|
Genetics (clinical)
|
Genetics (clinical), 1, 4.17%
Genetics (clinical)
1 публикация, 4.17%
|
|
1
2
3
4
5
6
7
|
Журналы
|
1
2
3
|
|
|
Biochemistry (Moscow)
3 публикации, 12.5%
|
|
|
Molecular Biology
2 публикации, 8.33%
|
|
|
Planta
2 публикации, 8.33%
|
|
|
Molekulyarnaya Biologiya
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Frontiers in Plant Science
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Biotekhnologiya
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Ecological Genetics
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Biochimie
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii (Vavilov Journal of Genetics and Breeding)
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Molecular Plant Pathology
1 публикация, 4.17%
|
|
|
RNA Biology
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Agronomy
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Applied Biochemistry and Microbiology
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Russian Journal of Plant Physiology
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Journal of Plant Physiology
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Critical Reviews in Biotechnology
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Biochemistry and Biophysics Reports
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Scientia Horticulturae
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Journal of Analytical Chemistry
1 публикация, 4.17%
|
|
|
bioRxiv
1 публикация, 4.17%
|
|
|
1
2
3
|
Цитирующие журналы
Издатели
|
1
2
3
4
5
6
7
8
|
|
|
Pleiades Publishing
8 публикаций, 33.33%
|
|
|
Elsevier
4 публикации, 16.67%
|
|
|
Springer Nature
2 публикации, 8.33%
|
|
|
Taylor & Francis
2 публикации, 8.33%
|
|
|
Wiley
1 публикация, 4.17%
|
|
|
MDPI
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Frontiers Media S.A.
1 публикация, 4.17%
|
|
|
State Research Institute for Genetics and Selection of Industrial Microorganisms
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Eco-Vector LLC
1 публикация, 4.17%
|
|
|
The Russian Academy of Sciences
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Institute of Cytology and Genetics SB RAS
1 публикация, 4.17%
|
|
|
openRxiv
1 публикация, 4.17%
|
|
|
1
2
3
4
5
6
7
8
|
Организации из публикаций
|
5
10
15
20
|
|
|
Всероссийский НИИ сельскохозяйственной биотехнологии
20 публикаций, 83.33%
|
|
|
Организация не определена
|
Организация не определена, 4, 16.67%
Организация не определена
4 публикации, 16.67%
|
|
Институт белка РАН
3 публикации, 12.5%
|
|
|
Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
2 публикации, 8.33%
|
|
|
Институт физиологии растений им. К.А. Тимирязева РАН
2 публикации, 8.33%
|
|
|
Амстердамский свободный университет
2 публикации, 8.33%
|
|
|
Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Институт биологии гена РАН
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Федеральный исследовательский центр проблем химической физики и медицинской химии РАН
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Главный ботанический сад имени Н. В. Цицина РАН
1 публикация, 4.17%
|
|
|
ФИЦ "Пущинский научный центр биологических исследований" РАН
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Всероссийский институт растениеводства имени Н. И. Вавилова
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Государственный университет просвещения
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Никитский ботанический сад
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Институт овощей и цветов, Китайская академия сельскохозяйственных наук
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Хэнаньская академия сельскохозяйственных наук
1 публикация, 4.17%
|
|
|
Тяньцзиньская академия сельскохозяйственных наук
1 публикация, 4.17%
|
|
|
5
10
15
20
|
Страны из публикаций
|
5
10
15
20
|
|
|
Россия
|
Россия, 20, 83.33%
Россия
20 публикаций, 83.33%
|
|
Страна не определена
|
Страна не определена, 5, 20.83%
Страна не определена
5 публикаций, 20.83%
|
|
Нидерланды
|
Нидерланды, 2, 8.33%
Нидерланды
2 публикации, 8.33%
|
|
Китай
|
Китай, 1, 4.17%
Китай
1 публикация, 4.17%
|
|
5
10
15
20
|
Цитирующие организации
Цитирующие страны
- Мы не учитываем публикации, у которых нет DOI.
- Статистика пересчитывается раз в сутки.
Направления исследований
Редактирование с/х культур
+
Несмотря на сложность молекулярного взаимодействия между растением и патогенным микроорганизмом, в ряде случаев показано, что небольшое изменение структуры единственного растительного гена может оказать определяющее влияние на устойчивость растения к инфекции. Мы проводим поиск растительных генов, имеющих ключевое значение для растительно-микробного взаимодействия, и их направленная модификация с помощью технологии геномного редактирования CRISPR/Cas9, с целью создания культурных растений, устойчивых к наиболее актуальным патогенам. В сотрудничестве с другими лабораториями и научными центрами ведётся работа по разработке эффективных протоколов редактирования геномов сельскохозяйственных культур, а также применению методов геномного редактирования для получения форм культурных растений с улучшенным комплексом хозяйственно-ценных признаков.
Вирус Y картофеля
+
Вирусные заболевания являются большой проблемой при выращивании картофеля, так как его размножают вегетативно и вирусная нагрузка растёт из поколения в поколения. Некоторые из них, например, вирус картофеля Y (PVY, potato virus Y) способен снижать урожайность до 80%. Наиболее перспективный способ борьбы с вирусами - создание и выращивание устойчивых сортов. Для поддержания своего жизненного цикла вирус использует белки растения-хозяина. Одним из таких белков является фактор инициации трансляции eIF4E. В норме он взаимодействует с кэп-структурой на мРНК растения и запускает трансляцию. Вирус Y рекрутирует eIF4E хозяина для трансляции своих белков, связываясь с факторами с помощью белка VPg. У некоторых Пасленовых (перец, томат, табак) существуют варианты факторов eIF4E, которые способны взаимодействовать с кэпом на мРНК, но не связываться с VPg. Показано, что для нарушения взаимодействия с VPg может быть достаточно одной аминокислотной замены в факторе. У культурного картофеля такой механизм устойчивости не найден. Скорее всего, потому что картофель – тетраплоид, а для возникновения такой устойчивости необходимо, чтобы все формы факторов eIF4E в растении не взаимодействовали с VPg. Создать такую форму картофеля с помощью селекции очень сложно. Однако современные системы редактирования генома позволяют вносить изменения сразу во все аллели, в том числе заменять один конкретный нуклеотид. Совместно с лабораторией структурных исследований аппарата трансляции Института Белка РАН впервые была создана модель комплекса eIF4E-VPg, хорошо согласующаяся с экспериментальными данными. Были созданы мутантные варианты eIF4E картофеля, которые не взаимодействуют с VPg вируса Y, но способны инициировать трансляцию мРНК. Планируется создание растений картофеля с этими мутантными вариантами eIF4E и оценка устойчивости этих растений к PVY, а также проектирование и создание новых мутаций, которые нарушат взаимодействие фактора с VPg, но не повлияют на связывание с кэп-структурой.
Сосудистый бактериоз капусты
+
Бактерия Xanthomonas campestris pv. campestris (Хсс) является возбудителем сосудистого бактериоза капусты, наиболее вредоносного заболевания этой культуры. Основными детерминантами патогенности различных бактерий рода Xanthomonas являются TAL-эффекторы, однако для Xcc до последнего времени они оставались малоизученными. При заражении бактерии доставляют TAL-белки в клетки растения, где они специфично связываются с промоторами некоторых генов, повышая их экспрессию. В результате восприимчивость растения увеличивается. Нами в нескольких штаммах Xcc был обнаружен ген высоко-консервативного TAL-эффектора. Нуклеотидная последовательность соответствующего гена была установлена с помощью высокопроизводительного секвенирования третьего поколения. С помощью ряда биоинформатических подходов нами была предсказана последовательность ДНК, с которой специфически связывается TAL-эффектор, и предсказана его мишень в геноме растения-хозяина – фактор инициации транскрипции ERF121. Факт регуляции TAL-эффектором экспрессии гена EDR121 подтверждён нами экспериментально. По-видимому, активация ERF121 TAL-эффектором приводит к нарушению регуляции защитного ответа растения. Знание молекулярных механизмов восприимчивости позволяет идентифицировать перспективные гены-мишени для геномного редактирования с целью получения форм капусты устойчивых к сосудистому бактериозу. Xanthomonas campestris pv. campestris, возбудитель сосудистого бактериоза крестоцветных, активирует фактор транскрипции ERF121 в Brassica oleracea с помощью консервативного TAL-эффектора.
CSD-белки
+
Домен холодового шока — один из наиболее консервативных доменов, встречающийся в белках из различных организмов от бактерий до человека. Белки с доменом холодового шока вовлечены в развитие организмов и их адаптацию к неблагоприятным абиотическим факторам окружающей среды.
CSD белки растений относятся к РНК-связывающим белкам. У бактерий CSDP критически необходимы для выживания клетки при пониженной температуре.
У большей части у эукариотических организмов CSDP тоже найдены. У животных CSDP выполняют важные функции в регуляции дифференцировки клеток.
Однако, у растений регуляция экспрессии генов с помощью РНК-связывающих белков изучена очень слабо. В частности, молекулярный механизм функционирования CSD-белков растений остаётся практически неизвестным.
Геном модельного растения Arabidopsis thaliana содержит 4 гена, кодирующих белки с доменом холодового шока, AtCSDP1-4. Для изучения функций этих белков нами применяется подход обратной генетики, который заключается в получении растений с нокаут-мутациями по интересующим генам и изучении их фенотипа. Для введения нокаут-мутаций в гены используется технология CRISPR/Cas9. К настоящему моменту созданы растения с нокаут-мутациями по отдельным генам AtCSDP1-4 и ведётся работа по созданию растений, содержащих нокаут-мутации сразу в двух или четырех генах.
Публикации и патенты
Найдено
Ничего не найдено, попробуйте изменить настройки фильтра.
Адрес лаборатории
Москваа, Тимирязевская ул., 42
Необходимо авторизоваться.